水芹采取无性繁育方式，茎秆是其繁育材料。水作时，在11月下旬选择种株，选种标准为：具有所留品系的优异特性，并且株高适中，茎秆粗壮，节间较短，腋芽较多而且健壮，根系发达，无虫无病。所选种株随即移植到留种田内。
留种田要选择在背风向阳、排灌方便的地方。10月中旬进行精细整地，厚施基肥。栽插种株时田间坚持1厘米水层，行株距均为25厘米，每穴栽3～4株。栽后7～8天可坚持5～6厘米水层。如遇到强寒流则可加水层到15～20厘米深，寒流过后再降水层到5～6厘米。
越冬后坚持浅水勤灌。4～5月追施复合肥。疏苗并拔去一些分株，以利通风透光，6～7月田间坚持湿润即可，以矮化种株，避免倒伏。春末夏初，田间成长的青苔影响水温的提升，有的青苔还缠绕种株，影响其正常成长。防治和治疗青苔的办法为：晴天排干田水，晒田半天后，按每亩施用100克的标准，将硫酸铜用纱布包住放在进水口，然后放水进田，使硫酸铜溶液随灌溉水匀称地分布于田内，5～7天后，青苔将所有被杀死。
6月早先，治虫等田间管理工作都要在田埂上进行，不能再下田踩踏，以免折断种株。8月上中旬，即可收割种株催芽。
旱作留种田冬前要恰当抑制肥水，使种株矮壮。4月中下旬将所选种株拔起，切去10厘米的地上一些，重新定值，一般行株距均为15厘米左右，增加肥水管理，在6月上旬从泥土以上5厘米处割去地上部，使其萌生更多的种株。割后每亩施25%的复合肥35公斤，或腐熟的人粪尿3000公斤、氯化钾10公斤。田间经常坚持湿润，并堤防防治和治疗病虫害。8月中下旬即可拔出催芽。
