香菇在反季节种植中，常常因生产条件的调控不到位而发生畸形菇，影响菇的商品质量，下降生产效益。畸形菇的重要体现及防治和治疗方法如下：
菌盖小而薄体现为菌盖既薄又小，即使菇龄较长也无法长大，鲜食时没有香菇的特殊香味；其形成 因素一是没有完成转色，花菌袋或白菌袋时即进行出菇；二是基料养份显著不足；三是成长的温度偏高。防治和治疗办法：没有转色的菌袋，一定要调控条件进行转色；如果基料营养物质不足，则可在浸泡菌袋时予以恰当补充，也可采取“菇面施肥”的方法，例如喷洒食用菌三维养分精素，即可有用加厚菌盖厚度；气温较高时，应采取有用的降温办法，如向菇棚的墙壁喷水等。
菌盖灯罩形菌盖呈尖头的灯罩形状，并且显著的变薄，商品质量严重降低。重要 因素与上述相同，可参照上述措施进行防治和治疗。
菌盖波浪形菌盖边缘呈较规则的波浪形状，亦显著的较薄、较脆。出现波浪形重要是幼菇发育阶段遇到较大温差，同时环境的湿度变化亦很强，尤其当大水直接喷淋于菌盖时，使得菌盖组织发育不正常。防治和治疗对策：产生菇蕾后，应坚持较平稳的温度和湿度，尤其反季节种植时，菇棚的温度常常是决意子实体能否正常发育的基本条件。
菌盖不周正详细体现为菌盖或狭长或三角等，不圆整是其重要特点。产生 因素重要是幼蕾阶段没有准时切开塑料膜，使其菌盖直接顶到塑料膜上接受了一定的摩擦，或者菇蕾出现比较多，没有准时疏蕾处理，待长至幼蕾阶段，菌盖分化后挤在一起，只要幼时菌盖受挤压，则永远不会再重新长圆整。防治和治疗措施：准时割膜，并进行疏蕾处理，一般只选1-2个幼蕾，勿使过量。
菌柄空心菌柄细长、空心，引起菌盖也很小，重要是基料含水率太低以及空间湿度太小等 因素所致。防治和治疗办法：每采收一潮后，即应进行泡袋处理，一般浸泡24小时即可使之恢复原先的重量；坚持菇棚空气湿度在85％以上。
菌柄从裂缝中长出菌袋含水率太低时，基料开裂，出现狭长的裂口后，即可有子实体从裂口内长出，有的甚至没有完全钻出来，菌盖就在裂口内长大，最终也无法实现其商品价值。防治和治疗措施：保持菌袋浸泡处理，不使其出现裂口。
菌柄扭曲菇棚空气湿度偏低、光照较强或光芒角度变换过频时，易产生该征象。防治和治疗措施：坚持相对稳定的空气湿度，并坚持较稳定的光照，一般要求有1000勒克斯的散射光即可满意。
蜡烛菇蜡烛菇的特性就是光秃秃的菌柄上，没有正常的菌盖组织，形似蜡烛。产生 因素：一是菇蕾阶段菌盖组织受损，二是棚内二氧化碳浓度太高。防治和治疗办法：准时割膜；疏蕾时堤防不要伤及欲留蕾；保持较好的通风，坚持棚内较清新的空气条件。
