萝卜入窖的时间宜在清晨或下午天气较凉时进行，避免高温条件下入窖。埋藏时，萝卜根部朝上，顶部朝下，斜依靠坑壁，一个紧挨一个按同样程序码地坑里。此类摆放对策有控制萝卜抽薹发芽、减少糠心的作用。待全坑放满一层后，在上面撒一层厚约5厘米的湿润土。再码第二层，码完后又撒湿润的土，然后码第三层，一般能够摆3～4层，使沟内萝卜的高度在60～80厘米，最上一层萝卜的上面，覆湿润的细土10厘米左右。隔层用的土，以用挖坑时下层的土为宜。因为这些土在耕作层以下，没有病虫害。随着气温降低再分次培土，每次培土均应在强寒流到来之前。第二次盖土大约在11月底，第三次培土大约在12月中旬，第三次盖土总厚约30～50厘米。只要萝卜质量好，入窖前未受热、冻害，能够安全贮藏到翌年3～5月。如果冬天要取食或上市供应，在盖土达20厘米时，可在上面盖20～30厘米厚的玉米秸或另外防寒覆盖物，使沟窖培土微冻或不冻，以便于挖窖。
在我国东北、西北高寒地区，冬天土壤冻层很深，贮藏萝卜不宜用沟窖埋藏，而利用地下式菜窖，或用恒温库贮藏。地下式菜窖是在地下水位较低、背风向阳处建造的。窖深2米，宽5～6米，长10～20米，生长方形。窖顶部架横梁蓬顶，底层铺50～80厘米厚的玉米秸，上面盖100厘米厚的土。整个窖顶厚度略少于当地冬天冻土层的厚度。入口设在窖顶部，上下使用梯子。此类地下式菜窖冬天可坚持0～2摄氏度的气温，萝卜不致受冻害。由于窖内空气湿度很强，萝卜只需布列成行垛放即可，不用培土。恒温库是目前最先进的贮藏蔬菜的场所。库内可自动调节温、湿度，贮藏萝卜十分保险。
