由于水东芥菜成长期短，成长快速，因此，管理办法要准时。（1）订植：整地时施足底肥（有机肥每亩施1000千克，及适量的磷钾肥）。耙碎耙匀后起畦，畦宽1.2－1.5m包沟。苗期12－15天，把选好的壮苗按株行距12×15cm，带土移植。（2）施肥：施足底肥，勤施追肥。施肥以氮肥为主，配合适量的磷钾肥。以增强植株抗病力和改善品质，提升产量。水东芥菜早熟性强，成长快，周期短，因此当订植成活后，即应准时追肥，以勤施薄施为原则，逐渐加强浓度。施肥后还应堤防用清水喷淋菜苗，以免被肥水灼伤。（3）水份管理：水份管理的原则是，晴天、少雨、干旱时准时淋水；雨天，准时排水。夏秋高温烈日时期，除了早、晚各淋水一次外，尚需淋过午水、 保证土壤湿润。
水东芥菜的病害重要是病毒病，该病重要是由蚜虫传播，防治和治疗此病，以预防为主，因此，必需堤防准时杀灭蚜虫。在苗期及移植大田后，均要小心准时防治和治疗蚜虫。可用40%乐果合剂2000倍液喷杀，但需在采收前15天停止用药。还能够选用2.5%天王星（联苯菊酯）乳油3000倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂2000～3000倍液喷雾，间断喷2～3次，至完全杀灭为止。此外，重要的害虫还有黄曲条跳甲、其幼虫危害根部，成虫吸收叶汁，出现斑点而影响质量。防治和治疗成虫可用98%巴丹原粉1500倍液喷杀，防治和治疗幼虫可用90%敌百虫1000倍液淋施根部。
