稻茬麦由于田间湿度大、墒晴好，通常病害产生都较重，而且流行性病害向常发性病害扩展。除蚜虫外，虫害偏轻。稻茬麦播期晚，冬前病虫害的形成较轻，重要体现为春发。总体来说，重要的病虫害：赤霉病、白粉病、锈病（叶锈）、纹枯病、病毒病（黄花叶病）和蚜虫，防治和治疗的难度大。
一、小麦赤霉病。小麦赤霉病多出现于穗期多雨、气候潮湿地区，近年来随着耕作种植制度的改变如群体密度加强、染病品系的推广和秸秆还田面积加强等，小麦赤霉病的形成有北扩的趋势。一般减产10-20%，严重时达80-90%。
由于多无法轮栽，田间群体密度难以降低，也就只能革新秸秆还田技术，减少土表的稻秸秆残留量，同时抗性品系选择非常主要，因为抗性品类可下降后期防治和治疗压力，所以建议对国家区试染病品系一票否决。化学防治和治疗还是要保持预防为主、把握适时的原则，在扬花初期，见花就打，隔5天左右打第二次。 需水量、防治和治疗器械对防治效果影响较大，推荐30升/亩药液，推荐弥雾机。药剂选择上，多菌灵或含多菌灵的杀菌剂仍是目前的当家品系，在农业部药检所登记最多的是多·酮复配剂，成本较低，还能够兼治白粉病； 30%戊·福（25：5）（18～27克/亩），戊唑醇有用成分<5克。推荐用量10克/亩。氰烯菌酯成本较高，防治效果与需水量关系比较大。
小麦赤霉病
二、小麦白粉病。白粉病是小麦最常见病害，重要为害叶子，严重时也为害叶鞘、茎秆和穗部。典型症状为叶子表面发生绒毛状菌丝，表面覆有一层白色粉状霉层即分生孢子。小麦成熟时，病斑上形成黑色小点，即白粉病菌的有性世代闭囊壳。
选种栽培抗病品系，扬麦、镇麦系列品类相对耐病，可因地制宜栽培；合理施用氮肥，改善田间通风透光条件，下降田间湿度。化学防治和治疗重点是呵护上部功能叶，孕穗至扬花期，当上半3张功能叶发病叶片率达5%左右或病株率达15%左右时，应进行防治和治疗。早春病株率达5%的田块可进行防治和治疗，以减轻后期的防治和治疗压力。 防治和治疗药剂能够选择三唑酮（有用成分10～12克/亩），丙环唑（8～10克/亩）和氟环唑等三唑类杀菌剂。醚菌酯等对白粉病也有较好的防治效果。
小麦白粉病
三、小麦锈病。分叶锈和条锈，叶锈在西南和长江中下游麦区出现较重；条锈在西南和黄淮麦区形成较重。田间识别时，能够记住简单口号“条锈成行、叶锈乱、杆锈是个大红斑” ； 叶锈夏孢子堆桔黄，条锈鲜黄。
西南麦区选用抗条锈病的品系，长江上游麦区审定的品系大多数抗病。对叶锈病的抗性品系目前还很少，目前大多数数品类感叶锈病。对条锈病菌源地，可用三唑类药剂拌种、抗病品系等对策。冬繁区对重点发病田块采取“带药侦察，发现一点抑制一片”，准时抑制发病中心；供给麦田统防统治，以抑制病害的区域扩散蔓延。大面积上增加监测，发病叶片率5%开始用药。叶锈病也是发病初期用药成效较好。
小麦锈病
四、小麦纹枯病。全国常年出现面积超过1亿亩，病害可酿成茎蘖死亡，未死亡的病蘖也会因输导组织被破损、营养物质和水分运送受阻而影响麦株正常成长发育，引起麦穗的穗粒数减少，籽粒灌浆不足，千粒重下降。严重的可酿成枯白（孕）穗，酿成倒伏。一般产生田块损失10%～20%，严重田块可超过30%。
以农业防治和治疗为基础（适时播种、抑制播种量、抑制前期施肥量、恰当增施磷钾肥和下降田间湿度）； 选用抗（耐）病品类（如宁麦9号、宁麦13等）； 早播地区进行药剂种子处理和包衣，压低冬前发病高峰； 早春进行药剂喷雾防治和治疗，抑制病害的扩大和减少损失。
小麦纹枯病
五、小麦黄花叶病。又称小麦梭条花叶病，预计每年全国发病面积2,000万亩，一般病田减产10％-50％，重者绝收。冬前不体现症状，到早春麦苗返青起身时产生症状。发病初期病株新叶体现褪绿至坏死的梭形条斑，与绿色组织相间，成花叶症状；后期病斑扩散增多，可引起整个发病叶片发黄、枯死，重发病株矮化、分蘖减少。发病较轻的田块，病株后期随着气温升高超过15摄氏度，田间病害逐渐隐症；抽穗后，病田恢复成长较快，但仍比健株矮小，参差不齐，穗小，多畸形。
以推广抗耐病品类为主，结合合理水肥管理的农业综合防控办法。轮种换茬，与非寄主的大麦、油菜等轮种； 适时迟播，避开介体侵害运动最适期期； 合理施肥，发病初期早施速效氮肥、磷肥及成长调节剂，促使麦苗成长。
