近年来，不少地方培育了个别芹菜优异通例良种，在栽培中也据有较大比重。鉴于芹菜是异花授粉作物，通例良种尤其要搞好留种、防退化工作，切实建立好留种田或留种基地，选留好种株。
严格隔离 在留种田周围至少4000米以内不能栽培其他芹菜品系。一般使用特殊的地形如湖岛、僻地或林带等作为自然隔离屏蔽，建立留种地或小面积繁殖基地。
芹菜的采种办法有大株采种法和小株采种法两种。
大株采种法 也叫成株采种法或老根采种法。冬天商品芹菜采收前，在秋种芹菜地选择能代表本品系典型特性的优异单株作为留种株，去杂去劣。小量留种时也可将选择的优异单株移栽到留种地；初春再进行选择，即舍弃先期抽苔、不耐寒及染病的植株。开花后要小心浇水、施肥。芹菜花期长，种子成熟期不一致，为保证种子质量，最好分期分批采收。一般每亩留种地可生产种子75-100公斤。采用大株采种法时，能对植株的商品性状以及耐寒性等进行选择，在一定顺序上能够避免品系劣变退化。所以此办法较适用于地方芹菜良种的提纯复壮。
小株采种法 当年播种、采收种子或冬前培育新苗，翌春订植留种地，然后让其抽苔开花结实，再采种。此法尽管采种成本小，但对种株不能进行严格选择，连年应用易酿成品系退化，因此多用于优异新品系刚开始推广时繁育生产用种。小株采种法掌握恰当的播种期是关键。一般在2月下旬左右直播于露地。若播种太迟，小苗不能经过低温春化阶段，种株不能顺利抽苔开花；但若播种过早，幼芽很小即经过春化阶段，抽苔开花，养分成长期太短，积累的营养物质少，从而酿成种子产量低下。采用小株采种法采种时，因植株较小，抽苔后种株分枝力不强，所以订植密度较大株采种时.要密部分，通常穴行距为20厘米×50厘米，每穴栽2-3株。其他种植管理技术以及种子的采收对策和大株采种法相同。
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