目前我国因同一地区作物品系单一酿成的连茬征象、作物成长不良、病害加重、品质降低及产量下降甚至绝收问题日益严重。究其 因素，重要是土壤生物退化引起的。微生物肥料是解救当前土壤问题的一剂良药。
微生物肥料功能
微生物肥料既能活化土壤，提高肥效，又能保障农产品质量安全，是农业可持续扩展不可缺失的投入品。微生物肥料功能多样，可以充当分解者（秸秆分解、土壤有毒有害物质降解）、转化者（磷、钾、钙、镁等营养物质的有用形态转化）、生产者（生物固氮、出现各种促生物质）等。
微生物菌剂种类
目前我国的微生物肥料中添加的菌群达150多种，有机物料腐熟菌剂、土壤修复菌剂（重茬、农药解毒、锄草剂降解等）等功能菌剂、根瘤菌剂和溶磷菌剂、新型的复合微生物肥料、生物有机肥等6大类产品是当前登记的热点产品。
施用小心事项
1.微生物肥料对土壤条件要求比较严格，施入后需要一个适应、成长、供养、繁育的过程，一般15天后才能发挥作用，长期均衡地提供作物营养物质。
2.微生物肥料适宜施用的时间是清晨和傍晚或无雨阴天，这样能够防止日光中的紫外线将微生物杀死。
3.微生物肥料应防止高温干旱条件下施用，并且小心温、湿度的变化。高温干旱条件下，微生物生存和繁育会受到影响，不能充分发挥其作用。
4.微生物肥料不能长期泡在水中，在水田里施用应干湿灌溉，促使微生物运动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。严重干旱的土壤会影响微生物的成长繁育，微生物肥料适合的土壤含水量为
50%-70%。
5.微生物肥料能够单独施用，也能够与其他肥料混在一起施用。但应防止与未腐熟的农家肥混用，以防高温杀死微生物，影响肥效。同时也要小心防止与过酸过碱的肥料混在一起施用。
6.微生物肥料应防止与农药同时施用。化学农药都会差别程度地控制微生物的成长和繁育，甚至杀死微生物。微生物肥料不宜久放，拆包后要准时施用，一次用完，包装袋打开后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群形成改变，影响施用成效。
7.防止盲目施用微生物肥料。微生物肥料重要是供给有益的微生物群落，而不是以供给矿质养分养份为主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。
8.小心微生物肥料的肥效条件。微生物肥料肥效的发挥既受其自身要素的影响，如肥料中所含有用菌数、活性大小等质量要素，又受到外界其他因子的限制，如土壤水分、有机质、pH值等影响，因此微生物肥料从选择到利用都应堤防合理性。
