菠菜种子是胞果，其果皮外层有一层薄壁组织，可通气和汲取水分，而内层是木栓化的厚壁组织，通气和透水困难。据试验，除去果皮的菠菜种子较未去果皮的发芽率和发芽势均有所提升。菠菜种子在高温条件下发芽缓慢，发芽率较低，在25摄氏度发芽率80%，发芽日数约4天；35摄氏度发芽率仅20%，发芽日数8天。为此，夏秋播种时，要先进行种子处理。
破种处理在播种前将聚合在一起的种子搓散，除去种子上的刺，然后浸种催芽，有利于种子发芽，出苗又齐又快。比干种子直播早出苗3～5天。
低温处理用凉水浸种12小时，放在4摄氏度的冷库或冰箱冷藏室里处理24小时，而后在20摄氏度～25摄氏度条件下催芽。也可将浸种后的种子吊在水并的水面上催芽。3～5天出芽后播种。
过氧化氢溶液处理过氧化氢浸种能有用去掉菠菜种子表皮的胶质层，提升发芽率，使菠菜播种后出苗快且整齐。对策是将过氧化氢溶液按1:4比例对水，经充分搅拌配制成20%～25%的过氧化氢水溶液。将配制好的过氧化氢水溶液盛于器具中，倒入种子时应边倒边用木棒搅拌，使种子都能匀称吸水；当气温低于20摄氏度时，浸种时间需100～120分钟，气温高于20摄氏度、低于30摄氏度时，浸种时间60～90分钟，气温高于30摄氏度以上时，浸种时间30～50分钟即可；催芽浸种后将种子从过氧化氢水溶液中捞出，随即用清水冲洗3～4次（边冲边滤水），滤水后盛于器皿中用湿布巾覆盖催芽；若种子成熟适度且饱满，一般5～6天就有85%以上的种子发芽，播种后2～3天即可齐苗，比通例播种提前6～8天出苗；用过氧化氢水溶液浸种处理前，应把自留的或购买的菠菜种子选择晴天太阳下晒4～6小时，并剔除杂物和不饱满的种子；用百菌清水溶液对已经浸种催芽处理的种子进行灭菌处理；浸种催芽灭菌处理后的种子应准时播种，大田（棚室）土壤要求湿润，播种后盖土1～1.5厘米并加压，使土壤与种子吻合；再用稻草帘覆盖，待有10%～15%的新苗出土时将草帘掀开。
