菠萝莓畸形果发生的主要原因是授粉受精不良，但其发生程度则与品种、花朵级次、访花昆虫、温度和湿度以及花期喷药等因素有关。因此在生产上防止菠萝莓畸形果的发生主要应考虑以下对策。
配置适宜授粉品种由于菠萝莓存在着雌雄稔性的差异，故应选择花粉量多的品种作授粉品种，与主栽品种混植。宝交早生、春香等品种花粉量丰富。烟台大棚菠萝莓，主栽品种为宝交早生，授粉品种为春香、丰香等，授粉品种比例占5%～10%，能有效地降低畸形果率。
棚内放置蜂箱保护地栽培的菠萝莓花期早，前期自然出现的访花昆虫少，因此最好在保护地内放置蜂箱。该方法已在日本广泛采用，效果很好。蜜蜂飞行距离一般为400米。访花时间为上午8～9时到下午3～4时，活动温度范围一般在15～30℃。对其他访花昆虫，也应加以保护利用。
控制温度和湿度花期应严格保护地内的温度和湿度。温度宜控制在20～28℃。要适时放风以降温降湿。采用无滴薄膜，能防止水滴的影响。滴灌能有效地降低保护地内的空气湿度。花期只要地表不干，一般不需灌水。
疏花疏果疏除易出现雌性不稔的高级次花，可明显降低菠萝莓畸形果率，且有利于集中养分，提高单果重及果实品质。
减少用药次数保护地菠萝莓的病虫害防治应采用以农业防治为主的综合措施，尽量不用药或少用药。若病虫害较严重，则应注意在花前或花后用药。
采取人工授粉在中午11～12时花药开裂高峰期，采取人工微风(用扇子等)进行人工辅助授粉，也有良好效果。
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