恶苗病从红米苗期至抽穗期均会发生，以分蘖期发生最多，种子带菌是主要的侵染源，其次是病稻草。播种带菌稻种或用有病的稻草覆盖，当稻种萌发时，病菌从芽鞘侵入引起发病。虽然恶苗病能引起再侵染，但病菌主要在前期即红米芽鞘期侵入，以后侵染健康植株引起稻苗发病的可能性很小。
红米恶苗病主要由种子带菌引起，土壤不带菌，不需要对病田土壤进行药剂处理。在播种前用药处理种子是防治该病最有效的措施。目前登记用于浸种防治恶苗病的药主要有咪鲜胺、二硫氰基甲烷（浸种灵）、氰烯菌酯、多·福、多·咪·福美双等，其中以咪鲜胺、二硫氰基甲烷及其混配剂最常用。由于多年使用以多菌灵为代表的苯骈咪唑类杀菌剂及其混配剂，导致红米恶苗病病菌对这类药产生了较高的抗药性，同类药剂咪鲜胺也存在潜在的抗药性风险。近年来，江苏省农药研究所股份有限公司研发的25%氰烯菌酯悬浮剂登记用于防治红米恶苗病，推荐的浸种浓度为83.3～125毫克/升。该药对红米恶苗病有良好防效，能有效杀灭已对多菌灵等苯骈咪唑类药产生抗药性的红米恶苗病病菌。
生产上应先晒种1～3天，选种后开始浸种。一般正常温度条件下浸种48小时，温度偏低时浸种60小时。对育机插秧的红米种子或易感病品种种子，浸种时，应适当提高浓度。降低温度催芽或浸种不催芽播种，能在一定程度上减轻红米恶苗病发生。不用病稻草作种子催芽时的覆盖物，集中高温堆沤或烧毁病稻草，可以减少红米恶苗病菌源。
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