辣椒苗期易受多种病原菌的复合侵害，产生多种病害。重要有立枯病、猝倒病、灰霉病、菌核病、疫病等。如不提早防治和治疗，轻则出现病弱苗，重则酿成苗床毁灭。
一、重要症状。
辣椒苗期病害重要体现小苗根部和茎基部发病，多为接近地表的幼茎基部最先发病，初为水浸状或出现椭圆形褐色病斑，可绕茎一周，潮湿时，病斑上发生褐色菌丝体，早先产生菌核，根部腐烂。植株体现为立枯或猝倒。叶部发病，体现为小苗叶子出现水浸状、暗褐色病斑、腐烂、落叶等。叶部病害重要有灰叶斑病、疮痂病、炭疽病、褐斑病等。
二、防治和治疗方法。
要提早动手，预防为主，综合防治和治疗。
1、选用抗病品类：
按照各地实际选用抗病性强、丰产性好的品类。播前做好种子消毒工作，杀灭种子表面附着的病菌。
2、苗床选址：
苗床要选择地势高燥、背风向阳、便于排水、土质疏松肥沃且三年以上未种过蔬菜的无病地块做苗床。配制营养物质土所用的农家肥必需通过充分腐熟。
3、土壤处理：
苗床土壤务必进行药剂杀菌处理，常用处理的办法是施用药土。药土的配制对策：⑴多菌灵药土。用50%多菌灵可湿性粉剂按每平方米苗床8～10克，加适量细土，混在一起匀称制成；⑵甲多药土。按每平方米苗床用25%甲霜灵可湿性粉剂6克和50%多菌灵可湿性粉剂5克，配制成药土；⑶五福药土。按每平方米苗床用70%五氯硝基苯粉剂5克和50%福美双可湿性粉剂4克，配制成药土。药土一般每平方米需用10～15公斤，可用“下垫上盖”的对策，即取30%的药土作为垫土，播种后用70%的药土覆盖。
4、增加管理：
一是灌水。播种前浇透底墒水，分苗前一般不用再灌水。床土过干，务必灌水时，可在晴天上午用喷壶轻浇；二是提温。要坚持苗床薄膜清洁，加强光照，提升地温，促使根系发育和幼芽健壮成长；三是定苗。提早减苗、定苗，避免苗荒、苗弱；四是放风。准时排风降湿，增加炼苗，促使幼芽敦实健壮，增强抗病能力。
5、苗期喷药：
发病初期可用75%百菌清800倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液进行喷雾防治和治疗。同时，发现病株，要准时拔除集中销毁。
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