莴苣菌核病为真菌性病害，植株染病后，先是近地表的叶柄呈米黄色腐烂，然后叶子枯萎，接着整株腐烂。湿度大时，病部形成白色棉絮状物，后期在茎内外出现黑色鼠粪状菌核，病株叶子变黄，凋萎，全株枯死。土壤中的菌核在秋季或春季长出子囊盘散出子囊孢子，随空气传播。
防治和治疗办法：在整地前对田间灌水，适期喷施护树将军杀菌消毒，减少病菌源。在莴苣成长期适期喷施壮茎灵可使植物杆茎粗壮、叶子肥厚、叶色鲜嫩、植株茂盛，天然品味浓。同时可提高抗灾害能力，减少农药化肥用量，下降残毒；早春多雨天气，呵护地内提倡每亩利用45％乙熏灵250克或50％百菌清粉尘剂1000克防治和治疗，同时配合喷施新高脂膜800倍液提升药剂有用成分使用率，巩固防效，每周一次，间断2－3次。还可选用50％速克灵可湿性粉剂1000－1200倍液、50％农利灵可湿性粉剂1000倍液、40％施佳乐悬浮剂800倍液、65％腐霉灵可湿性粉剂600－800倍液、40％嘧霉胺可湿性粉剂600倍液、40％菌核净可湿性粉剂500倍液、50％苯菌灵粉剂1500倍液、50％扑海因可湿性粉剂600－800倍液喷雾，配合喷施护树将军杀菌消毒，减少病菌源，7－10天一次，间断3－4次。
