秋天是食用菌生产比较吵闹的期间。秋天出菇异彩纷呈，冬天种植的制种如火如荼，较多品系的发菌正在进行。本季应以发菌管理为重点，正在出菇和预备出菇的应不失时机做好管理， 保证梦想出菇。
一、出菇管理
1.早秋平菇：该阶段的管理重点应强调一个“水”字：通例种植的，出菇后菌袋失水严重，应采取浸泡或注射等措施予以补水，以期获得较高产量。暴发出菇生物学效率在100%以上的，可清理菌袋，准时将下批平菇转入出菇管理。9月播种的平菇，应尽量抑制，使之进一步菌丝后熟，最大限度地积累养分，为10月出菇奠定基础。
2.金针菇：大一些金针菇出菇已进入尾声，约有1/3的金针菇还在出菇。用冷库反季节种植金针菇的最大难度是水分管理，据8月调研，个别金针菇出菇场所湿度偏低，引起产量不尽人意。其中重要有两大问题：一是湿度测量时重要部位多在1.5米高度，而冷库内的温度呈上高下低状态，用水多采取地表洒水的方法，使得高层的温度偏高而湿度偏低。二是目前棉子壳原料多为大壳、短绒，吸水率低，约30%左右，而且持水性差，引起菌袋内水分“先天不足”。
3.双孢菇：9月上旬播种的双孢菇，10月中下旬出第一潮菇。小心出菇后对畦床进行有用补水，以利出第二潮菇。
4.木耳类：由于温差较大，无论是黑木耳还是毛木耳，成长速度都变慢，此时不要喷水过量，以延长成长期，最大限度地提升产量。
5.香菇：高温型香菇已进入末期管理，由于温度变低、温差变大，香菇质量将会因此而提升。但要小心，10月初进行最后一次泡袋后，强化低温管理，能够长出一批高品质的鲜菇，随即应清棚，进行消鸩杀菌处理，10月底即可预备将低温型香菇菌株的菌袋移进棚。
二、发菌管理
菌种：无论二级种还是三级种，均应小心，湿度大对菌种是不利的，应增加通风管理，有条件的应进行降湿处理。要严格剔杂，尤其要防范链孢霉等毁灭性杂菌的形成，一旦发现，要立刻用塑料袋慢慢套住污染菌袋，移到棚外进行销毁处理。香菇：低温型香菇发菌多已完成，此时应密切小心温度变化，本着“就低不就高”的原则，调解发菌温度，宁可延长发菌时间，也不要因温度高引起菌袋受损。部分地区的香菇进入后熟期或转色期，应设法下降温度，按照菌丝的成长情况，适期适度打孔，并拉大温差和湿度差，以利菌丝的生理转换。中低温型平菇：通例管理即可，小心不要码袋，严防烧菌。发菌棚覆盖防虫网，并每3天左右喷洒1次高效氯氰菊酯，以防菇蚊等害虫的侵袭。双孢菇：个别延期种植的双孢菇可于10月中旬前后播种，管理重点是避免病虫侵袭。每5天左右喷洒1次百病傻300倍液，预防杂菌滋生。
