灰霉病、菌核病和绵疫病是导致茄子烂果的三大病害。每到冬季，棚内低温高湿的环境极易引起这三种病害的大发生。有时候多种病害混合侵染，给防治带来了困难。
灰霉病主要为害茄子的幼果，也可为害叶片和茎秆。果实受害一般先是侵染残留的花瓣、花萼，然后向果实和果柄发展，从而使果皮变成灰白色软腐，发病后期在病斑处长出灰白色霉层，以后果实失水僵化。绵疫病则容易使果实形成水渍状腐烂，并伴有白霉，果实落地。菌核病与绵疫病相似，都有白色的菌丝，但是两者的区别在于菌核病的菌丝浓密，后期拧结成核，而绵疫病的菌丝较为稀疏，而且菌核病往往是导致果柄受害，进而造成落果。
这三种病害都是由于低温高湿引起的，因此要想防治这三种病害首先要创造不适宜病害发生的环境条件，即提高棚温，降低湿度。深冬期间，为保证白天棚温，菜农可适当延迟通风时间，待棚内温度升到30℃左右时，方可通风降湿，下午2点以后如棚温下降，要及时关闭放风口，待棚温降至20℃左右时，放下草帘保温，保证夜间温度在12℃以上。另外，通过铺设地膜、行间铺秸秆等措施也可有效降低棚温。为了降低湿度，增加植株间的通风透光性，菜农还应注意摘叶打杈，摘除烂果，一般植株最底下的茄子下面留下两片叶即可满足膨果所需。对于灰霉病和菌核病，很重要的一点是要及时摘除茄子幼果上的残花及柱头，这样可有效防住烂果。
对灰霉病和菌核病的防治，菜农应采取“蘸、喷、熏”三结合的措施。由于灰霉病菌首先侵染残花，所以菜农在蘸花时可加入防治灰霉病的药物，如扑海因、咯菌氰等，用这个办法蘸花防灰霉比拾花效果更好；喷即在一批花即将开放时喷用扑海因或施佳乐等药剂，同时注意喷药要全面，墙体、立柱等地方也要喷药；针对病菌孢子主要通过气流传播的特点，可采取烟雾熏蒸，如菌核净、百菌清烟剂等，亩用药200克，熏棚6-8小时。绵疫病属于卵菌，发病初期可喷洒普力克800倍或甲霜灵锰锌800倍等，发病严重时可喷洒烯酰吗啉锰锌600倍混银法利600倍或氰霜唑1000倍进行防治。
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