苹果树腐烂病防控应采取“阻入侵、增抗性、止扩大”的策略，建立以提升树体抗病力和减少菌源基数为基础，枝干和剪锯口呵护预防入侵为重点，准时刮治病斑的综合防治和治疗技术体系。
农业防治和治疗
科学施肥灌水：均衡施肥，增施有机肥、菌肥等，加强树体营养物质积累，提升抗病能力。采果前后根据“每千克果1~2千克肥”施用有机肥一次，萌芽期施用生物菌肥一次，条沟施或穴施。果实膨大期适量追肥。
合理负载：按照树龄、树势、土壤营养物质等条件，疏花疏果，调解树体负载量。因树定产，中等水平果园一般根据叶果比40∶1留果，病弱树恰当下降挂果量。
恰当整形修剪和呵护伤口：恰当整形，防止大拉大砍，摧残树体。采取涂抹愈合剂等措施准时呵护剪锯口，尽量减少各种伤口，如冻伤、日灼伤、虫害等，预防病菌侵入。
清除侵害源，搞好果园卫生。冬剪的枝干、树梢等集中存放，并覆盖薄膜避免滋生和传播病菌。准时剪除病枯枝和干桩，刮除粗老翘皮，彻底清扫枯枝落叶等，集中烧毁或深埋。抗病性诱导
果树开花前、果实膨大期叶面喷施氨基寡糖素等免疫诱抗剂各一次，提升树体抗病力。
药剂防治和治疗
枝干涂刷药剂。果树落叶后树干涂白。幼果期选用甲基硫菌灵或噻霉酮或寡雄腐霉等药剂，涂刷树干1~2次，涂药前先刮除树体粗老翘皮并带出园外集中烧毁。
树体喷药。果树落叶后至早春萌芽前，全树喷施具有治疗作用的广谱性杀菌剂如戊唑醇、甲基硫菌灵等，树干、大枝、枝杈处等重点位置一定要喷施周到，压低腐烂病菌源基数。同时，做好成长期褐斑病、斑点落叶病、锈病、叶螨、金纹细蛾等病虫的防治和治疗，避免果树提早落叶而削弱树势。
刮治病斑，桥接复壮。发现病斑，准时刮除。刮除时把病部的变色组织及相连的5mm左右健皮组织认真刮净，深达木质部，连绿切成立茬、棱形，病斑边缘整齐光滑，不留毛茬，然后在病斑处涂刷甲基硫菌灵等药剂。超过树干1/4的大病斑，要准时桥接复壮。
