浸种是有效防范恶苗病的办法之一，但有部分农民反映，水稻种子浸种了，为什么田间还是发生了恶苗病呢？分析原因如下：
一是操作不规范，没有专用浸种的池子，浸种浓度随意，甚至有的农户在流动的溪流中浸种，或者连包装袋一起浸泡，导致种子与药液没有充分接触。效果自然很差。
二是浸种时间不足，一般需要浸种至少4个小时以上，最好12个小时至24个小时。部分农户只浸种两三个小时以内甚至仅半个小时不到。
三是可能用了不合格的农药，比如药剂质量不达标，甚至是假药，或者把拌种剂误认为是浸种剂。
四是催芽环节发病较多。部分农户催芽时温度过高，特别是育机插秧时秧盘集中堆放，导致催芽阶段温度偏高，病菌易侵染；部分旱育秧田覆盖薄膜导致苗床温度较高，也利于病菌侵染和病情发展。
五是可能长期使用同一种浸种剂，导致抗性，比如长期使用咪鲜胺，可以轮换使用25%氰烯菌酯悬浮剂2000～4000倍液、16%恶线清可湿性粉剂500～700倍液等。
目前，有少数农户把恶苗病的发生归咎于种子里的米粒，俗称“米谷”，就是没有种壳的种子。这是对恶苗病的极大误解，没有壳的种子，只要米粒完整，胚芽不受伤害，就可以正常萌发，发育成正常健壮植株，与恶苗病毫无关系。杂交种子本身具有颖壳闭合不紧的生理特点，加之在脱粒过程中的机械作用，致使颖壳脱落，形成“米谷”。一般杂交种子中多少都有一些“米谷’存在，但不属于种子质量问题，更与恶苗病无关。
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