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由于菠菜植株的性型比较复杂，故应小心掌握好留种的技术。
菠菜植株的性型大致可分为以下四种：一是绝对雄株，只开雄花。二是养分雄株，只开雄花，与绝对雄株比较，基生叶较大，抽薹较迟。三是雌株，仅开雌花，抽薹较雄株迟。四是雌雄同株，同一植株开雌花和雄花，或开“两性花”，花期与雌株相接近。
当发现留种田内有一些植株开始抽薹时，即应将绝对雄株和抽薹早的雌株，以及病株、弱株、杂种株等及早拔除，并随即追肥一次，以促进种株多发分枝。早先还应陆续拔除一一些养分雄株，通常每平方米面积只需留下3～5株与雌株同时开花的养份雄株便可（供授粉用）。待雌株结籽后，即可把所有营养物质雄株拔除。
当植株茎叶大一些已枯黄，果皮转呈黄绿色时，便可收割种株，经堆放3～5天，让其进行“后熟”，然后再进行脱粒、晾干贮藏。
菠菜杂交种子生产，一般宜采用父、母本为1∶4行的栽培方式，但需小心不时地将母本行中的全部雄株和两性株、以及父本行中的雌株和两性株，准时所有拔除干净。
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