将新鲜辣椒洗净后，放入可以密封的容器中，再加入食用盐，这样可以储存两年左右；也可以将鲜辣椒晒干，然后用干净的袋子装好放于干燥的地方保存；还可以在保鲜盒里加水，辣椒柄朝下放置不加盖不套袋和保鲜膜，放冰箱保鲜。
若是有大量的新鲜辣椒，可以放于冷库保存：
1、库房要严格消毒用甲醛、过氧乙酸、漂白粉等熏蒸、喷洒，彻底消毒。
2、采收就近采收，选择病害少、长势旺盛的地块，要求辣椒果实饱满、质地坚实、果实完整、皮色黑亮，剔除劣果、病果。装筐或装箱，尽量避免运输中的碰撞、挤压。
3、浸药在杀菌保鲜剂中浸泡2—3分钟，以除去表面病菌和为辣椒提供保护层。晾干后，入库预冷。
4、预冷要彻底、迅速。
5、装袋将预冷完成后的辣椒装入辣椒保鲜袋内，每5-10公斤一袋，扎口。保鲜袋应选用透湿透气的PE袋，防止“出汗”和气体中毒(二氧化碳)，二氧化碳达到5%时应解口放风，放风时间1小时左右。
6、冷藏温度控制在8℃左右，选择温差0.5℃。
7、防霉贮藏期间要注意防霉，发现霉变现象，及时用保鲜烟雾剂熏杀。若措施得当、条件完备，辣椒可保鲜3-4个月。
因为现在的辣椒基本上都是在冷库中存放过的，所以买回来的辣椒最好是近期吃完，时间久了不但影响品质，还容易腐坏。
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