1、荞麦立枯病
荞麦立枯病是荞麦在苗期发生的主要病害之一，主要发生在间苗后的半个月左右，有时也会在种子发芽后发病，表现为烂种、烂芽以及缺菌断垄。发病的种芽会变成黄褐色。幼苗感染此病后，首先会在苗的茎基部出现赤褐色的病斑，随着病斑逐渐扩大而出现凹陷斑，最后扩展到茎的四周，从而使幼苗枯萎、倒伏，最后死亡。当子叶受害后会出现不规则的黄褐色病斑，最后导致子叶脱落，边缘缺刻。
对此病害的防治方法主要是农业防治和化学防治，其中农业防治首先要选择优良的抗病品种，在播种前要对土地进行深耕，将土壤中的病菌深埋于地下。在秋收后要将病株残体及时的处理清除。实行轮作，严禁连作，施足底肥，增加磷肥以及钾肥的施加量。做好田间管理工作，以促进幼苗的生长，保证幼苗健壮、抗病能力强。进行化学防治的方法一方面是要在播种使用药剂拌种，一般使用50%的多菌灵可湿性粉剂，使用量为每50kg种子用药量为250g。另外，在苗期或发病初期，使用一些药剂喷雾，常使用的药剂为65%的代森锌可湿性粉剂500600倍液或20%的甲基立枯磷乳油6001000倍液。
2、荞麦霜霉病
荞麦霜霉病主要侵害荞麦的叶片，多侵染处在幼苗期、花蕾期以及开花期的叶片。在发病初期，症状表现为叶片上有失绿病斑，病斑的边缘界限明显，并且在病斑的背面生有淡白色的霜状霉层，此为孢囊梗和孢子囊，叶片发病一般从下向上，病情严重时会导致叶片发生卷曲、枯黄，叶片脱落，最后死亡严重影响了荞麦的产量。
防治措施分为农业防治和化学防治。农业防治主要包括进三年以上轮作，在收获后要清理好田间的残株，进行深耕细作，适时播种，加强田间的管理工作，促进植株的健康生长，以生长出健壮的植株，提高自身的抗病力。在实施化学防治时可以在播种前使用种子量的70%的敌克松粉剂按照播种量的0.5%来拌种，以起到预防该病发生的作用。在发病初期，则可以使用69%的烯酰吗啉·锰锌可湿性粉剂10001200倍液与80%的代森锌可湿性粉剂600800倍液等进行喷雾，在喷雾时要交替使用。
3、荞麦轮纹病
荞麦轮纹病主要侵害荞麦的茎秆以及叶片。当叶片染病后会在叶片上长出圆形或者椭圆形的褐色病斑，有同心的轮纹，有的明显，有的不明显，在发病后期发病部位的中央会生出小黑粒点，为分生孢子器，会导致叶片变为褐色，提前枯萎脱落、死亡。当荞麦的茎秆染病后会在上面产生梭形的红褐色病斑，在后期病斑会变成黑色，在上面生有黑褐色小点。一般病菌会在病株残体上越冬，在第二年经风雨传播。
农业防治的主要内容有在荞麦收获后要及时清除病残体以及枯死的落叶，减少越冬病源的数量。在种植时要实施倒茬轮作，减少发病率。播种前提前将种子进行处理，方法为在冷水中浸泡4h．再在温水中浸泡5h．捞出晾干后再播种。化学防治的主要方法是在播种前使用种子量的千分之四的五氯硝基苯来拌种，并在该病的发病初期交替使用36%的甲基硫菌灵悬浮剂、80%的代森锰锌可湿性粉剂500800倍液喷雾来防治该病。
4、荞麦白霉病
荞麦白霉病主要侵害的是荞麦的叶片，在发病初期会在叶面上产生一些浅绿色或者黄色的的斑驳，这些斑驳没有明显的边缘，病斑的扩展会受到叶脉的限制。感染此病的叶片的背面会生出白色的霉状物，此物为分生孢子和分生孢子。
发生该病的原因是菌丝以及分生孢子会在残株散落在土壤中越冬，因此在进行农业防治时在要进行深耕灭茬，减少病源，并且在播种前要施足基肥，以提高植株的抗病力，注意在生育期做好追肥工作。合理密植，适度浇水。加强田间管理，及时的拔除以及处理病株残体，做好排水防涝的工作，以减轻病害。在进行化学防治时可以在播种前使用80%乙蒜素乳油5000倍液浸种、晾干播种，在发生此病后使用75%的百菌清可湿性粉剂1000倍液加70%的甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液进行喷洒防治，间隔1周后再使用1次，连续使用23次，可起到良好的效果。
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