1、技术性贸易壁垒屡出现。自乌拉圭谈判之后，日本以非关税壁垒形式出现的技术贸易壁垒在中日食品贸易中的影响日益明显，尤其是2006年5月29日，日本《肯定列表制度》实施以来，不断修订农药残留限量。针对中国大豆农残超标的问题，日本2012年采取了多项技术性贸易措施，加强了对中国大豆的检验006-2012年出口日本大豆被扣留的原因呈品种增加、种类扩大的趋势，包括微生物、杀菌剂、杀虫剂和除草剂。而造成我国输出大豆被检出不合格的原因主要是大肠杆菌、细菌等微生物招标，2007年后主要是农药和微生物超标，2012年杀菌剂苯醚甲环唑超标占了较大比重。虽然我国近年采用许多应对措施，并提高了标准化生产程度，但输出日本大豆被扣的批次未见减少。
2、价格相对较高。中国大豆价格较北美国家高，主要受以下因素影响：大豆主产区减产；种植成本逐年增加，如肥料等价格逐年上涨；国家收购储备大豆的措施，使大豆价格上涨。日本实施肯定列表制度后，中国出口企业为了达到日本的检测标准，新增了高科技的检测设备，并新增了额外的检测人员和检测资金，这些成了出口企业新增的成本，大豆的出口价格也就因此上涨了。价格影响需求，中国大豆价格的提高会影响日本对其消费量。
3、来自他国大豆的竞争。作为三大大豆出口国的美国、巴西和阿根廷拥有广阔且肥沃的土地，且相对集中，便于机械化大规模生产，单产高。近年来，为了迎合日本市场对非转基因大豆的需求，这些国家加大对农业技术的投入，对大豆做了大量的优秀品种改良，并研制高质量低价格的具有国际竞争力的非转基因大豆，以此打开日本市场。通过一系列措施来降低成本，像巴西政府把全国的豆农组成农场联合体，负责统一购买种子、化肥等生产资料，既节约了成本，又有利于实现同品质大豆规模化生产。这些原本只出口转基因大豆的国家也加入了对日本出口非转基因大豆，这样中国大豆的优势就没那么明显了，甚至失去了竞争力。
4、定价机制不尽合理。在中国，只对特殊的大豆签订合同栽培，这些大豆可以提前（播种前）定价。在大豆收割前，农民也不知道其单价，这使日本商社及厂家想购买时却无法定价。这使客户不会等着我国豆农定价后买大豆，自然就去买其他国家的大豆了。
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