外部形态鉴定
定义及分类：按照玉米品系的种子、幼芽和植株外部形态的差异鉴定品类，分为种子形态鉴定法、新苗形态鉴定法和田间栽培鉴定法等。
种子形态鉴定法特征：简单、方便、迅速，在传统农业生产中利用普遍，但可供鉴定的种子性状少且易受种子成熟度、种子生出现态环境和种子贮藏等条件影响，鉴定结果具有一定的主观性。品系间种子形态差异越来越小，鉴定形态差异来辨别种子越来越困难，准确性也越来越低。
新苗形态鉴定法特性：所需试验设备及操作简易、成本低，但能用于品系鉴定的小苗特异性状较少，所以只能用于有显著差异品系间的鉴定。
田间栽培鉴定法特性：具有合法性、科学性、准确性等优点，是进行品类真实性鉴定结论判定的最终办法，但周期性长、时效性差、工作量大，不能满意当代农业生产及种子贸易中迅速鉴定的要求。
蛋白质指纹图谱法
定义与分类：应用电泳技术对待检测样品的种子或小苗的蛋白质进行分离、染色，产生蛋白质电泳图谱，与标准样品进行比较，来鉴定品系。包括同工酶电泳、种子贮藏蛋白电泳法等。
同工酶电泳法特性：目前，已有30多种同工酶用在作物品系鉴定中，最常用的是脂酶同工酶和过氧化物同工酶等。同工酶电泳尽管比形态鉴定加倍迅速，但同工酶具有植物组织及器官特异性，受个体发育及生态环境的影响，且部分种类的同工酶在提取和分离过程中容易失去活性。
种子贮藏蛋白电泳法特性：在品系鉴定上利用较多的是醇溶蛋白（和谷类）和球蛋白（豆类）。该措施直接从种子中提取蛋白质，操作技术简单，结果相对稳定，但是随着远亲品类的不时涌现，寻找品系鉴定用的特异蛋白的难度增大。
DNA指纹图谱法
定义与分类：学名为DNA分子标记鉴定法，通常也称为DNA指纹图谱法，种类较多，当前在农业行业标准中常用的对策为简单重复序列（SSR）标记法。
SSR标记法通常是指以2个——5个核苷酸为单位串联重复差别次数产生简单重复序列，在区别品系的基因组DNA中简单重复序列的重复次数有差异，此类差异能够经过聚合酶链反应（PCR）扩增及电泳法进行检测，从而可以分辨不一样品系。
SSR标记法特征：SSR标记广泛、随机、匀称的分布在基因组中，能够供给整个基因组的遗传信息，参与遗传物质结构的改变、基因调控等过程，可以直接反应品系遗传物质在DNA水平上的差异。具有准确性高、多态性高、检测重复性好、操作简便、经济、不受季节和环境影响等特征。以SSR标记法为主，形态鉴定办法为辅，可以更高效、更准确进行品系鉴定。
