从发病部位来看，疫病主要在地表以上茎基部发生，初期产生水渍状病斑，扩展后呈7－10cm的大型病斑，后期病部变黑褐，皮层软化腐烂，茎缢缩。根腐病发生在地表以下，近地表，主要是植株表皮腐烂，易剥落。青枯病则发生在根尖，造成维管束变褐。
辣椒根病的防治要以预防为主，防治结合。要从育苗开始，把住各个环节，针对用药，就可收到事半功倍的效果。
1、育苗床土消毒处理。温室辣椒9月份育苗时，此时地温在25－28℃，正是根部病害的发病适期，一定要做好土壤处理。育苗床土选用2年来未种过茄果类菜的大田土，苗床整好后，按苗床面积每平方米分别用药10g准备。疫病用70％乙磷锰锌可湿性粉剂，极腐病用50％多菌灵可湿性粉剂，青枯病选用70％dt可湿性粉剂。分别按苗床面积称取药后混合，并加干细土1kg混匀，然后撒到畦面上，划锄、搂平，然后再浇水、撒种子、盖土、覆膜。这样可同时预防这3种病及苗期猝倒苗的发生。
2、分苗。苗床的土壤处理按苗量大小整好分苗苗床，然后按每平方米分别配以上3种药粉10g，再与10倍的干细土混匀，撒在整好的苗床上，同样划锄、搂平、然后按株行距要求开沟，浇足水，水未渗下时立即栽苗、覆土、盖膜。
3、定植时按穴施药。温室辣椒定植适期一般在1月下旬，定植前按每1000穴备乙磷锰锌0.5kg、多菌灵0.5kg、dt0.5kg，混合后加15kg干细土混匀。定植时，将药土均匀撒入定植穴中即可。一般一把药土可撒4穴，撒好后再栽苗、浇水。
4、重茬地全棚施药。对于重茬地块来说，相对发病较重，如有可能，最好轮作倒茬。如实在不行，一方面要深翻晒土，增施有机肥，增强植株的抗性，另一方面，进行全棚施药，提前预防。其用药品种同上，按栽培面积计算，每平方米用药10g。定植前地深翻整平后，按药量加10倍的细干土，均匀撒在地平面，锄划后搂平。全棚施药对重病地块同样适用。
5、发病初期灌根防治。每年的3月下旬至4月份，是辣椒根病的发病高峰期。此时要按辣椒的多少，用以上3种药分别按500倍量配好后灌根。有点片病株的苗及周围苗按每棵0.5kg在根部灌入药液，其余按每穴0.2－0.3kg药液灌根。10天1次，连灌2次，灌根后暂不浇水，可基本控制病害蔓延。
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