鲜红薯的体积大、含水量多，组织细嫩、皮薄，容易破皮受伤,又易受冷、怕热、怕干、怕湿、怕闷，如果管理不好，很容易出现烂窖现象。因此，要保管好红薯，使之安全贮藏，保证其不烂或少烂是至关重要的。因此，在贮藏期间应注意加强贮藏管理。
首先要把好入窖消毒关：红薯在贮藏期间的主要病害是软腐病黑斑病和茎线虫病，其次为镰刀菌干腐病、青霉病等。发病原因是：薯块感染病菌、拐子带菌或病窖传染等。薯块受冻害、淹害或缺氧时，常发生软腐病。黑斑病菌在贮藏初期气温较高时发病较重。因此，入窖前严格精选不带病害的薯块和薯窖消毒非常重要。
薯窖消毒一般按每立方米体积用硫磺50g，点燃，封闭窖门、窗，熏蒸3天3夜，也可在入窖前用2%福尔马林或1%～2%硫酸铜喷洒消毒；为了预防病害，红薯在入窖前可用50%代森铵稀释200～300倍，或50%甲基托布津，或25%多菌灵稀释500～1000倍浸薯lomin，晾干入窖可防黑斑病。
对茎线虫病严重的红薯，收垄后，三垄合一垄，在田间用稀释400～500倍辛硫磷喷洒薯块，然后晾干贮藏，对杀死薯块表面线虫有良好的效果。 其次要做好窖温控制关：在10℃以下时，薯块的细胞原生质活动停滞，生理机能受到影响，因而发生冷害。当温度在-2℃时，薯块内部细胞间隙结冰，其组织被破坏，因而发生冻害。受冷害或冻害的薯块由于生理作用反常，新陈代谢受到破坏，致使薯块的贮藏性和抗病力降低，因而容易受病菌侵染，造成烂窖。
在贮藏初期，气温较高，常出现呼吸高峰，薯堆内水气多，湿度大，因而在薯块表面会出现结露现象，发生湿窖。 红薯在贮藏期间部分淀粉被转化成糖，造成淀粉的损失。红薯贮藏一个冬季后，其淀粉含量的降低占总含量的20%左右。用贮藏时间过长的红薯生产淀粉时，淀粉的产率将下降。
因此，若用红薯生产淀粉，除将其少部分鲜存以保证工厂的短时间加工生产外，通常都要将新鲜红薯切片晒干后贮藏，这样可避免红薯腐烂以及淀粉转化为糖而造成的损失。
