灾后黑米易发生的病害有细菌性条斑病、白叶枯病、纹枯病和稻瘟病；虫害主要有三化螟、稻飞虱等，要针对不同黑米不同的病虫害选择药物。
1、细菌性条斑病的防治：可选用25%叶枯唑可湿性粉剂500倍液+72%农用硫酸链霉素2000倍液、或1%中生菌素水剂300倍液、或70%甲福硫可湿性粉剂500倍液、或20%噻菌铜悬浮剂500倍液喷雾，隔7天施1次，连施2～3次。
2、白叶枯病的防治：合理施肥、科学管水。除此之外，要加强大田喷药防治，病害大发生时，每天喷药2次，每次间隔7～10天，用20%川化―018（叶枯宁）可湿性粉剂，在风、雨过后或水退立即喷药防治。
3、稻瘟病的防治：20%三环唑可湿性粉剂用量为每亩75～100克，加水50公斤，在病菌侵染前施用，可充分发挥其药效。或者用40%富士一号乳剂，每亩75～100克，加水50公斤释释喷洒。
4、三化螟的防治：25%杀虫双乳剂用量为每亩200克加水50千克，均匀喷雾；50%甲胺磷或40%乐果乳剂每亩100克，加水50千克；50%杀螟松乳剂每亩150克，加水50千克。
5、稻飞虱的防治：用10%吡虫林可湿性粉剂1000倍液，或3%啶虫脒乳油1000倍液进行喷雾防治，防治时保持田间有薄水层。
