优选种子用于培育萝卜芽菜的种子，应选择成长势优、抗病性强、品质好的萝卜品系，如大红袍、绿肥萝卜、穿心红等。种子要求是当年的，且整齐一致、籽粒饱满、无病残。
浸种催芽先将萝卜种子清洗干净，再在室温下用多于种子3倍的清水浸泡8～10小时（时期需用流动的清水将种子冲洗1～2次，每次以冲至澄清为度），然后将种子置于23～26摄氏度的条件下催芽。待种子露出胚根3～5厘米时，即可播种。
播种方式育苗盘和苗床均可播种。育苗盘要求底面平整、坚韧耐用，且通透性好；种植基质可选用白棉布或包装纸。播种前先将育苗盘清洗干净、进行消毒，再铺上层种植基质，然后将种子匀称地撒在育苗盘中的基质上（每盘播种100～150克）。播好种后，将育苗盘放置到种植架上即可。苗床最好是选择疏松、肥沃且排水性能良好的沙壤土地块，播前先要浇透水，然后采用撒播的方式将种子匀称地撒在苗床上（每平方米播种150～250克）。播好种后，覆盖一层1厘米厚的疏松细土。
苗期管理重要是应小心温度和光照的合理调控及通风，以保证芽菜的产量和品质。萝卜芽菜苗期的成长温度应抑制在20～25摄氏度，通风降温时.要小心不可让风直接吹到芽苗上。由于萝卜芽菜苗对光照的要求不高，故一般条件下即可。育苗盘播种的，应每天倒盘1次（上、下、前后地倒），使芽苗受光一致、成长整齐；反之，若光照过强，则产品因纤维含量高而影响口感。萝卜芽菜苗对湿度的要求是：采用育苗盘播种的，应坚持盘中基质湿润但不能聚水，室内空气湿度应抑制在80%左右（可采用喷水或喷雾的方式进行调节）。采用苗床播种的，当幼芽长至3厘长时方可浇水，并应小心用水小而勤，以免烂苗。此外，在管理过程中，若发现病苗要准时检出，以避免病害蔓延；病害严重时，可用多菌灵2000倍液喷雾防治和治疗。
适期采收育苗盘种植的，当萝卜芽苗长至1厘米以上时，即可整盘出售，盘可回收后再用。苗床种植的，当芽菜苗呈翠绿色，苗高8～10厘米，子叶平展、充分肥大、有火柴棒粗时便可采收。采收时连根拔起，洗净后立刻包装上市，以防止芽苗发黄而下降品质。
