我国每年进口的转基因大豆有数千万吨，主要是耐草甘膦除草剂的品种，主要用于提取食用大豆油。由于在种植期间反复喷洒草甘膦，不可避免地使转基因大豆种子中有一定的草甘膦及其次生代谢物氨甲基膦酸残留。
中国医学科学院北京协和医学院放射医学研究所对阿根廷进口的转基因大豆及其制品转基因大豆油和酿制的酱油请具有农药残留分析检测资质的第三方检测机构的分析测试表明，进口的转基因大豆农残含量分别为：草甘膦3.908mg/kg 和氨甲基膦酸3.364mg/kg。我国进口的转基因大豆的农残含量较高。
通常的认识为草甘膦属于水溶性很强的农药除草剂，因而认为在提取的油脂中不会含有农药残留物。但是草甘膦次生代谢物氨甲基膦酸，由于氨基的游离其对脂肪酸中的羧基具有了一定的亲和力。基于这样的分析和在食用转基因大豆油烹制的菜品后胃部产生不适症状的原因，对转基因大豆油送样进行农残分析，结果转基因大豆油中草甘膦确实未检出，而首次发现氨甲基膦酸含量为0.06mg/kg。由于我国对转基因大豆油中农残含量标准未作规定，意味着按照国际惯例是不得检出农药残留物的。由此，一直以来人们心中疑惑的转基因大豆油是否安全问题有了一个比较明确的结论，其健康危害并非来自微量的基因残留，而是来自农药残留物。
为了进一步确证转基因大豆制品对国人健康的危害，该所对超市购买的未标识非转基因大豆原料酿制的酱油(标识为大豆)进行送样分析，分析结果表明该酱油中的农残含量分别为：草甘膦0.133mg/kg和氨甲基膦酸0.089mg/kg。据相关流行病调查研究表明，有七成的肿瘤发生与食物中的农残相关。可以肯定地说有相当比例的肿瘤患者是由于农药残留诱发所至，因而我国肿瘤不断高发不可能与转基因大豆及其制品的推广食用无关。因此，建议国家及早治理进口转基因大豆及其制品的食品安全问题。以期在不久的将来逐步降低我国恶性肿瘤的发生率。
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