害虫既是食用菌直接侵害者，又是病原菌在侵染的重要媒介，因此，防病与除虫要同步。在采取一切防患措施的基础上，适当选用一些高效、低毒、低残留的化学药剂防治，可以把病虫为害控制到最小的限度。常用的化学药剂如下：
1.石灰：栽培蘑菇、草菇、瓶菇所用的稻草可用1%～2%的石灰水调至呈微碱性反应，又利防病很促进菌丝体的生长;采菇后也可用石灰上清液喷洒，有利产量的提高和防病。菇床培养料发现局部受木霉为害时，可用纱布包石灰粉，直接在污染处撒一薄层，可控制病害的扩展蔓延。棉塞受脉胞霉为害时，可将棉塞经火焰灭菌后，再在棉塞上撒石灰粉。段木栽培受一些大型真菌如红栓菌等的为害时，在刮除子实体后，期刮伤面应及时用5%石灰水(或波尔水液)涂抹，防止再生。
2.硫磺：有机食用菌菇房进料前的消毒，可用硫磺多点烟熏，剂量微5克/立方米，点燃硫磺后密闭48小时，过1～2天后进料。
3.煤油或柴油：棉塞、胶布等处如发现有粉红色的脉孢霉霉层时，应及时滴上适量的煤油或柴油，然后用薄膜包扎，可使霉层糜烂。
4.甲醛：有机食用菌菌种袋或菌种块层局部受木霉等杂菌污染时，可用2%甲醛溶液注射或涂抹。蘑菇培养料受胡桃肉状菌感染时，应及时将受污染的培养料及覆土挖掉，，再用2%甲醛溶液喷洒感染的床面。
5.漂白粉：有机食用菌菌袋局部发生木霉时，可用10%的漂白粉溶液涂抹。菇房四壁、地面、床架等使用前可用漂白粉水消毒，一般用量为0.5公斤漂白粉溶于75公斤水中。
6.抗生素：母种培养基加入适量抗生素如链霉素、庆大霉素、金霉素等可抑制细菌的生长，加入量一般以每毫升含100～200单位为宜。银耳发现受红酵母为害时，应及时刮除有病的子实体，并喷洒每毫升100～200单位链霉素。
7.过磷酸钙：有些病原菌如白色石膏霉。褐色石膏霉等喜高温、偏碱条件，堆料时可适当增加过磷酸钙和石含量，既可提供营养又有防病作用，在菇床上局部发生这些病菌时，也可将过磷酸钙直接撒在发病的料上，能抑制病菌的蔓延。
8.波尔多液：一般用磷酸铜1公斤、生石灰1公斤和水100公斤配制而成，随配随用。蘑菇贝勒贝孢霉病的病原菌对铜制剂很敏感，用波尔多液或硫酸铜稀释液直接喷洒发病部位，对控制病害的扩大有一定作用。
9.敌百虫：有机食用菌草菇折翅菌蚊、平菇厉眼蕈蚊等发生严重时，可在出菇前或采菇后用90%敌百虫1000倍液喷洒。
10.敌敌畏：菇、耳房周围定期喷洒50%敌敌畏1：1000倍液、可有效消灭虫源。
11.溴氰菊酯：平菇厉眼蕈蚊发生严重时，可于采菇后用2.5%溴氰菊酯1500～2000倍液喷洒。
12.毒饵诱杀：黑腹果蝇等成虫喜在烂果或发酵物上取食和产卵，可取一些烂果和酒渣放在盘中，倒入少量50%敌敌畏1000倍液以诱杀成虫。厮腐蝇成虫对醋酒液有趋性，可用酒：糖：醋：水=1：2：3：4的糖醋酒液加上几滴敌敌畏液，置于灯光下诱杀成虫。用砷酸钙于饼糠(1：10)制成的毒饵，于傍晚撒于栽培产生附近，可诱杀蛞蝓、蜗牛。
