为了做好食用菌菇棚环境的消毒处理，必须强化“环境”观念，严格消毒杀菌。值得注意的是，现在蘑菇生产环境每况愈下，诸如污染菌袋、带病菇体以及栽培废料的随意乱弃，使其成为新的“病源基地”，造成病害频发，并伴发交叉感染，使持续生产的难度越来越大，该现象自上个世纪九十年代就开始显现，至今得不到有效治理。对于基地型生产，我们一直强调“环境”改善的问题，在无法做到大面积治理的条件下，在基地内可强化消毒杀菌措施，对栽培棚外包括操作场地周边，清理卫生，对厩厕、垃圾等需严格清理，尤其要彻底清理污染菌袋以及菌糠废料等，并喷洒高浓度多菌灵、辛硫磷混合液等进行杀菌杀虫，环境差者应连续用药两次。
新菇棚的消毒处理 棚内可使用百病去无踪、辛硫磷等药物，一般用量为1袋百病去无踪配50克辛硫磷，喷30平方米左右，用药目标为地面、墙体以及立柱等，要求地毯式喷洒，然后密封菇棚，卷起草苫晒棚，密封2天后即可进袋发菌或出菇；发菌和出菇期间的预防用药，可每5天左右喷洒一次蘑菇杀病灵或百病去无踪，但注意不要直喷子实体。
旧菇棚的消毒处理 连续使用多年的菇棚，棚内不可避免地存有相当数量的杂菌和病原菌孢子以及害虫，因此，彻底进行消毒处理非常必要。一般可按1袋百病去无踪配40克辛硫磷药物，地毯式喷洒20平方米左右，然后密封菇棚，卷起草苫晒棚，密封2天后，再次用药并继续密闭晒棚，2～7天后，方可进袋发菌。
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