病原菌是核盘菌科核盘菌属菌核病菌，黑色。病害发生在茎部的菌核形成少，花盘发病时菌核较多。菌核在－40℃或湿热55℃时经10分钟仍有生活力，水淹状态下仅30天即腐烂死亡。条件适宜时菌核开始萌发，可直接形成菌丝侵染寄主，也可形成子囊盘产生子囊和子囊孢子，子囊孢子随风雨传播到寄主表面后，发芽成菌丝侵染，致使向日葵发病。
病原以菌核形式在土壤种子中越冬，菌核病严重地块种子带菌率为10%以上，果皮、种皮、子叶和胚均可带菌。播种后可造成幼苗死亡或幼苗根部及根茎部发病。
土壤中的菌核大多分布在0～10厘米的土层中，菌核萌发的菌丝直接可从伤口侵入向日葵的根或根茎部位而发病。土壤表层的菌核都可产生子囊盘并释放子囊孢子随风雨、气流传播到茎叶或花盘，可直接或从伤口侵入。病原菌在侵染过程中分泌草酸和酶类，促使寄主组织腐烂分解，出现病害症状。
防治措施
1.物理防治
发现病株，要立即拔掉销毁，以防蔓延。菌核在土壤中可存活数年，一般3年后活力大部丧失，采取向日葵与禾本科作物轮作换茬，能减轻发病。轮作时间越长效果越好，不能与豆科、十字花科等作物轮作。
2.药剂防治
①用40%纹枯利800～1000倍液，在向日葵现蕾前或在盛花期，喷洒植物的下部和花盘背面1～2次。②用50%托布津可湿性粉剂1000倍液，在向日葵现蕾前或在盛花期喷洒1～2次。③用50%速克灵500～1000倍液，在苗期或开花期喷洒，防治效果可达80%以上。④当气温达18～20℃、0～5厘米深表土含水量在11%以上、子囊盘开始出土时，是地面撒药的最佳时期，每公顷可用70%五氯硝基苯30～45千克，加湿润的细土150～225千克，掺拌均匀后撒在田间，可抑制菌核的萌发和杀死刚萌发的幼嫩芽管，抑菌率可达91.3%，防治效果达78.5%以上。
3.滴灌防治
①利用滴灌控制水量。利用膜下滴灌调节供水量，避免了低洼积水现象，控制田间湿度，从而降低向日葵菌核病的发生。
②利用滴灌进行随水施肥。膜下滴灌提高了作物抗病的能力，亦可做到适时适量，可省肥20%左右。膜下滴灌节水50%，减少深层渗漏，能较好地防止土壤次生盐碱化。滴灌随水施肥、施药，既节约了化肥和农药，又减少了对土壤和环境的污染。
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