芝麻的病虫害虽然种类很多，但各种病虫害发生频率和危害程度不一样。
就虫害而言，虫害主要在苗期发生，以地下害虫地老虎和蚜虫的危害较为明显。25%的辛硫磷拌毒土防治地老虎。芝麻苗期极易发生蚜虫危害，蚜虫的防治特别重要，蚜虫除吸食营养，还传播病毒，芝麻感染病毒后造成大幅度减产或绝收。生产上常用10%的吡虫啉可湿性粉剂（商品名一遍净或一扫光）10~15克/亩喷施。7月下旬进入雨季，病害容易发生，枯萎病用“克枯康”防治。细菌性角斑病用农用链霉素防治，芝麻天蛾可用菊酯类防治。
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