药用花卉病虫害的防治和治疗，首先要了解发病的起因和病虫害的种类，掌握病虫害形成扩展的规律，贯彻“预防为主，综合防治和治疗”的方针；其次要全面考虑，趋利而避害，既要提升药用花卉的产量和质量，又要减少环境污染。尤其要避免毒物残留为害机体。在掌握这些原则早先，能够运用以下防治和治疗办法：
1.植物检疫就是按照国家制定的一系列检疫法规办法，以避免别的国家或别的疫区输入新的危险病虫和制约当地的病虫害向外传播蔓延，来防治和治疗药用花卉病虫害的措施。
因此，在药用花卉引种、种苗的调运要严格履行检疫手续。
2.农业防治和治疗就是综合运用种植管理技术对策来抑制和消灭病虫害的措施，称为农业防治和治疗法。常用以下几种对策：
(1)选育抗病虫品系差别品类的药用花卉对病虫抵抗能力差异很强，因此选育抗病害的优质、高产的药用花卉品类是防治和治疗病虫害的经济有用的办法。如有刺红花比无刺红花抗炭疽病。在同一品类内也要选育抗病虫的单株留种。其它，还要选用无病或少病的种类，以减少病源。
(2)合理轮做差别的药用花卉有区别的病虫害，而各种病虫又有一定的寄生范围。
因此在一个地区或一块土地上经常轮做差别的药用花卉或农作物，使那些对新的环境和食料不适合的病虫，逐渐减少，自然消亡；对土壤带菌的病虫害以及那些单食性和寡食性害虫，也能够收到良好的成效。同时轮种还能够改良土壤，促使药用花卉成长发育，增强对
病虫害的抵抗力，如一般烂根病严重的药用花卉与禾本科植物进行水旱轮做4年以上，可减轻根腐病和白绢病的出现。
(3)调节播种期有些病虫害常和药用花卉某个成长发育阶段的物候期有着密切关系。如设法使这毕生长发育阶段避过病虫害大量侵害为害的危险期，能够减免或减轻病虫的为害，如红花适时早播，可避过炭疽病和红花实蝇的为害；薏苡适时晚播，能够减轻黑粉病的出现；萱草夏播，能够防止春天苗期害虫的为害。所以调节播种期是达到避病防虫的有用手段。
(4)深耕细作能促使药用花卉根系发育，增强吸肥能力，使其成长健壮，同时还起直接杀灭病虫的作用。
(5)清洁田园地里病虫为害残株及田间枯枝、落叶、杂草等，常常是病虫隐蔽及越冬的场所，成为来年病虫来源。因此，有病株落叶收集烧毁，清洁田园，能够减少病虫害的形成。
(6)增加田间管理包括合理施肥，准时排灌和中耕锄草等技术方法，经过精细的田间管理，达到防治和治疗病虫的成效。
3.生物防治和治疗利用自然界某些有益生物消灭或控制某种病虫的办法，称为生物防治和治疗。
生物防治和治疗目前重要是使用以虫治虫，以菌治虫和以菌治病及以鸟治虫的办法进行。如应用步行虫、食蚜瓢虫、食蚜虻、食蜴蝇等扑食性益虫防治和治疗蚜虫等；应用山茧蜂、赤眼蜂等防治和治疗菜青虫；使用白僵菌、青虫菌、杀螟杆菌等寄生性细菌和真菌防治和治疗菜青虫、食心虫、蛴螬、金龟子、地老虎等多种害虫；使用春雷霉素、 “5406"、内疗素等抗菌素，防治和治疗根霉病、炭疽病等。生物防治和治疗是综合防治和治疗的一个主要方面，具有对人、畜和植物无害，应用安全，无残毒，不污染环境，成效耐久，有预防性等优点，有着广阔的扩大前途。
4.物理机械防治和治疗按照病虫的生活习性和病虫的形成规律使用温度、光及器械等物理机械来消灭病虫害的措施，称为物理机械防治和治疗法。如运动性不强，为害集中，或有假死性的病虫，实行人工捕杀；对有趋光性的鳞翅目以及某些地下害虫等，应用诱蛾灯或黑光灯诱杀；使用高温低温措施防除仓库害虫。按照有病虫害的种子重量比健康种子轻，可用风选、水选舍弃有病虫的种子等。近年来，还用物理学新技术如超声波、放射线直接杀死病菌和害虫。
5.化学防治和治疗利用化学农药防治和治疗病虫害的对策，称为化学防治和治疗。具有作用快、成效好、应用方便，能在短期内消灭或抑制大量的形成病虫害，受地域性和季节性制约比较小等特性，是目前防治和治疗病虫害常用的一种办法。但也有较大的缺点，如长期应用农药，病原生物易出现抗药性，同时损伤部分有益生物，不利于生物防治和治疗。其它，还有农药残毒、污染环境、影响药用花卉质量等缺点。
目前化学农药常用药剂中，按其对病虫的鸩杀作用可分为杀虫剂和杀菌剂两大类，此外还有锄草剂等。杀虫剂按照其性质以及进入害虫体内的办法与作用差别，又可分为胃毒剂(如砒酸铅、敌百虫等)，触杀剂(如除虫菊)，内吸剂(如乐果、“1059"、“1605’等)，熏蒸剂(敌敌畏、氯化苦等)。杀菌剂目前利用的多为呵护剂(如波尔多液、代森锌等)。呵护剂需要在药用花卉发病前施用，早先每到药效期时重复利用。杀菌剂还有治疗剂(如石硫合剂、退菌特等)和内吸剂(如敌诱钠、敌克松、抗菌素等)。
上述药剂利用时，能够采用喷雾、喷粉、熏蒸、拌种、浸种、涂抹、土壤处理以及制作毒谷、毒饵、毒土等措施来防治和治疗病虫。
化学药剂利用中应堤防：了解药性、对症下药、抓住时机、适期喷药，掌握技术，保证药效、堤防安全、防止药害和人畜中毒。近年来，随着原子物理学的扩展，已开始使用电离辐射直接杀死害虫。此外，还能够使用激光防治和治疗害虫。
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