1．病害
病害常见以下两类：
（1）在栽培过程中，环境条件及管理方法不妥；造成反常的生理活动的现象。我们称为生理性病害。
菌丝疯长：菌丝表层气生菌丝浓密，影响出菇。形成菌丝疯长的原因主要是空气湿度大，通风不良所致。防止办法，加强通风，降低湿度即可。
平菇的大脚菇：子实体菌盖极小，菌柄粗长。这主要是缺氧、通风不良造成的。只要加强通风，注意光线即可防止。
平菇枯萎：菇蕾或子实体生长停滞，逐步萎缩、变干枯死、腐烂。发生的原因主要是水分不足，通风过大。防止办法，增加空气相对湿度，不使料面干燥，通风时切勿让风直吹菇蕾或子实体。
平菇药害：子实体喷药后（敌敌畏），菌盖停止生长，边缘形成一条黑边、翻卷。要禁止使用一些有害的农药。
锈斑：平菇菌盖、菌柄上产生锈褐色斑点。发生的原因，主要是通风不良、湿度过大形成的。防止办法，加强通风，降低湿度。
（2）子实体被其他杂菌污染致使发病或死亡。我们称为浸染质病害。
平菇常见的病是干泡病（褐斑病），主要危害其正常生长。其症状为子实体表面产生白色绒毛状菌丝，出现褐色斑点，菌盖萎缩、干裂。
防治法：降低温度，加强通风。病区喷2％甲醛液或1：500倍多菌灵。
2．杂菌
危害干菇的杂菌很多，主要有以下几种：
（1）青霉和木霉：青霉初期为白色，以后变成浅绿色。木霉一开始即为绿色，以后绿色逐渐加深。湿度高，通风不良，酸性环境易发生。
防治：可挖掉污染部位，然后洒上多菌灵原粉或生石灰。料内污染，应全部烧掉或深埋。
（2）链孢霉：发生的条件在25℃～30℃温度下，孢子6小时萌发，形成大量棉絮状菌丝，48小时后产生大量粉红色的分生孢子。
在培制培养料时用1：500倍多菌灵或霉锈净拌料，可避免发生，如果发生，及早销毁或深埋。
（3）石膏状霉菌：常发生在培养料表面，产生粉状浓密的白色菌丝。
防治方法：增加料的磷肥含量，喷洒1：7的乙酸溶液。
（4）黄曲霉：菌丝开始为白色，以后大量产生黄色孢子。高温（27℃以上），培养料水分偏干的情况下，发生严重。
防治方法，降低温度，控制在25℃以下，配制培养料时，水分适宜。
3.害虫
（1）菌蛆：主要危害菌丝体或子实体。菌蝇、蚊等的幼虫都是白色或黄色没有脚的小蛆，会蛀食子实体。防治办法：清除衰老的菌丝体；利用成虫趋光性，设杀虫灯进行诱杀，或喷高效低毒农药，如敌百虫1000倍液喷射，能杀死幼虫和虫卵。
（2）菌螨：属于蜘蛛纲、蜱螨目的一些小虫，个体很小，黄白色，成堆时是淡黄褐色，像灰尘或米糠，繁殖力很强行动迅速，会吃菌丝和菌盖，造成菇蕾枯萎。
防治：原料充分晒干，周围环境喷敌敌畏，发生后用4％三氯杀螨醇乳剂800倍液喷洒。
（3）跳虫：成虫有灵活的尾部，弹跳如蚤，咬食子实体。防治方法：喷洒0.1％的鱼藤精。
还有一些害虫如古语蛄蝓、蚂蚁、蟑螂、蝼蛄等，防治时可在地面撒些生石灰。
