1. 培养料配比不合理，拌料不均匀，尿素、过磷酸钙、石膏、石灰等添加物超量；
2. 培养室长时间通气不良，二氧化碳浓度高，氧气不足，致使菌丝回菌，影响菌丝生长发育；
3. 培养室长时间温度过高，超出了菌菇适宜生长温度范围，刺孔后堆温大幅度升高引起“烧菌”，造成菌丝生长脆弱甚至死亡；
4. 阳光直射菌棒，强烈的紫外线烧伤菌袋内的菌丝，甚至菌丝被杀死，菌棒局部出现黄水，菌棒上淤积黄水过多，影响通气，极易造成杂菌感染；
5. 出菇生产环境空气湿度过高，给菌棒补水时水温过高，补水过多，高温闷热天气通风不良等原因导致菌棒烂棒；
6. 采菇后没有及时清理菇根，采菇人员技术不熟练，采菇时带下大块培养料造成菌丝受伤等原因，喷水后极易滋生霉菌导致菌棒烂棒。
7. 虫害伤害：害虫从通气孔进入菌棒生长繁殖，直接咬食菌丝体，菌丝体受伤后形成局部高温、高营养环境，使竞争性杂菌入侵感染，造成虫菌交叉感染，导致菌棒腐烂。通常来讲，老菇区虫口密度高，为害重，烂棒也相对较为严重。
8. 栽培品种抗逆力减弱：抗逆力减弱是品种种性退化的一种表现，这是菌棒腐烂的内因。一些品种种植多年，种性退化，菌丝生命力减弱，对环境适应能力差，抗杂菌入侵能力下降，竞争性杂菌就能乘虚而入，引起菌棒腐烂。此外，还有因顽固性寄生菌或病毒直接入侵或干扰，而引起菌棒腐烂的情况。
