在食用菌生产过程中任何一个环节的某一点上，不注意清洁卫生及灭菌治虫工作，就会遭受病虫的危害。造成减产，甚至全功尽弃。因此，搞食用菌生产，杂菌防治是非常重要的一环。防治方针应“以防为主，防重于治”。
1、原料带杂菌及预防
食用菌的原料，通常为工农业生产的副产品和部分饲料，其营养丰富，适合各种微生物的生长。如果原料保管不善，受潮后更有利于微生物的繁殖。采用这些原料，虽经灭菌，因无高压灭菌设备或操作中疏忽，仍不能彻底灭菌，往往出现原料带杂菌。预防措施：1、要用新鲜干燥，未生过霉的原料。2、使用前在阳光下摊晒2天，晒死部分杂菌。3、生料栽培的平菇、凤尾菇、草菇，在料中（以干料重计）加入0.1%的50%可湿性多菌灵拌料，可以抑制或杀死料中大部分半知菌纲的杂菌；草菇用的原料用2%的石炭酸水浸泡12－24小时，也可杀死大部分小杂菌。蘑菇用的原料要充分发酵产生70℃以上的高温，也可杀死料中大部分杂菌及虫卵。熟料栽培的黑木耳、银耳、香菇、金针菇及猴头等，高压灭菌，料放在灭菌锅中（不能堆放，放时瓶与瓶，或袋与袋之间要有一定的空隙），使其受热均匀，达到灭菌彻底。其次，高压灭菌时锅中的冷空气要排尽。常压灭菌，连续蒸6小时，往往没有间歇灭菌效果好。间歇灭菌法是：上气后，蒸3小时，停48小时（夏秋季把料拿出放在自然温度下停放，秋冬季料仍留锅中停放），再上锅蒸3小时。
2、培养基带杂菌及预防
母种、原种及栽培种的培养基往往灭菌不彻底，几天后，培养基表面和内部同时发生杂菌，而且污染率很大。要使培养基不带杂菌，高压蒸气灭菌时，冷空气一定要排尽，蒸气压力及时间要达到要求；常压蒸气灭菌，计算时间须从培养基已达100℃时算起，并要保持锅内水始终沸腾。
3、菌种带杂菌与预防
母种、原种及栽培种均可带有杂菌，用于扩大培养或生产会加重污染，其表现是从接种块上首先发生杂菌，所以要严格挑选不带杂菌的菌种。各种菌种的颜色是：母种全斜面为整齐的白色菌丝，若有其他颜色或菌丝之间有空隙，则表示污染了杂菌，这种母种不能用来扩大原种。当然，草菇母种长的过老，白色菌丝会变成厚垣孢子，使斜面呈红色褐色，这种菌种作母种可以用；有的平菇菌种在马铃薯葡萄糖培养基上老时，菌丝上会出现分生孢子，使菌丝表面有些黑点，这也是纯种的表现，可以继续使用；银耳斜面白色菌丝长老了，在营养条件差时，会变成浅白色皱缩状的节孢子，这种菌种，也可作母种用。原种及栽培种全瓶、袋的颜色除银耳及草菇外，均为白色菌丝，有其他颜色则表示被污染了杂菌，或者培养料长有白色菌丝、培养料发粘，瓶或袋底有黄水，则是污染了细菌类杂菌，也不能作为菌种用。银耳的原种及栽培种，因为加有香灰菌，其菌丝分泌黑色素，所以培养料及瓶、袋壁为黑色，并有黑色的颗粒状香灰菌的子囊菌，有的放出黄绿色的孢子，使料面有黄绿色；同时有大量白色菌丝团，白色菌丝上分泌有黄色或淡褐色水珠即为银耳菌丝，均为纯种。草菇的原种及栽培种开始为白色菌丝，老化时变成红褐色的厚垣孢子，所以后期菌种呈红褐色，都是纯种的表现。
4、器具带有杂菌及预防
4.1 装培养料的瓶子和塑料袋等，特别是旧瓶或袋重复使用，往往带有大量的杂菌。应当先用清水浸泡，用刷子清洗后，再用肥皂水刷净瓶内外，然后放到沸水中煮沸30分钟，最好用蒸气（1千克/平方厘米）灭菌30分钟，晾干后再盛培养料。塑料袋应放在2%－5%石灰中浸泡12－24小时后，用水冲洗刷净，晾干后盛培养料。这样处理的瓶及袋不带菌，被污染的机会就少了。
4.2 操作时接种针、铲、刀、勺和环等工具进入瓶、袋或管中都要灼烧灭菌。如只烧针头、铲、刀、勺或环处，而伸入瓶、袋或管中柄的部分不烧，则很容易带杂菌入培养料中。
5、瓶、袋、管及棉塞污染杂菌及预防
在食用菌生产过程中，因棉塞引起的污染杂菌机会最多。原因有二：第一，棉塞原来带有杂菌；第二，灭菌时棉塞吸水汽而潮湿，为空气中及棉塞上的杂菌孢子着生繁殖创造了良好的条件。要使棉塞不带杂菌：①新棉花放在太阳下，推开晒2－3天；②用过的棉塞，撕松放在波尔多液中浸泡24小时，再晒干燥。使用这种棉塞，即使在蒸气灭菌后，或长期培养期间有些潮湿，在棉塞上也不会繁衍杂菌；③应用灭菌后的余热烘干棉塞。同时另备好换替的灭过菌的干棉塞。
6、环境污染杂菌及预防
对接种环境如接种室、接种箱等灭菌不严格，且密闭不好，会浸入杂菌；在培养料搬运过程和堆放场所，环境不清洁亦可造成污染杂菌。防止不带杂菌，应当做到如下两点：①接菌室、接菌箱如果用甲醛熏蒸灭菌，每立方米空间，应当用34%－36%的甲醛17毫升，水17毫升，高锰酸钾14－17毫升，熏蒸45分钟，灭菌才彻底。如果培养室用硫磺熏蒸，则事先把室内上下左右用清水喷湿，然后点燃硫磺密闭熏蒸24小时才彻底。如果栽培室培养的是黑木耳，用甲醛或硫磺熏蒸后，打开门窗散气后，再用2%石灰清水喷上下左右一次，这样可彻底消灭绿木霉等杂菌。②搬运培养料的工具要用2%－5%石灰水浸泡12小时，这样才不易污染杂菌。
7、操作污染杂菌及预防
若操作者本身的清洁灭菌和无菌操作不符合要求，都可直接造成杂菌污染。表现为培养料表面发生杂菌。操作时应当做到：①未进入接菌室、箱前，首先用肥皂将手洗干净；②进入接菌室要戴上灭菌的帽子、口罩，穿上无菌工作服及鞋；③操作时手要用0.1%升汞水擦洗灭菌（工作后用水及肥皂洗手）；④接菌时，不能随便走动及说话，以免空气流动大，易污染杂菌。
8、菇耳房带杂菌及预防
栽培的菇或耳房，特别是老菇耳房，地面、墙壁及顶棚藏有各种杂菌，在培养过程中最易引起污染。要使菇耳房杂菌少或无，每栽培一次菇或耳后，第一要打扫干净，第二菇耳房能密闭的，则用甲醛或硫磺熏蒸，不能密闭的则用0.1%升汞水喷湿上下左右灭菌。
9、其他方面污染杂菌及预防
如培养场所高温、高湿而又通风不良等，均可导致杂菌猖獗污染。应当经常注意培养室温、湿度调节，使其适合栽培的食用菌生长发育的范围。并通好风，这样可控制杂菌污染。
