在香菇生产的过程中，常受到病虫的危害，如果防治不利，会使香菇栽培陷入恶性循环的境地，轻则造成减产，重则栽培失败，所以，必须引起高度重视。
一、木霉
木霉又称为绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉靠孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内，一旦条件适宜就萌发繁殖为害。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，就给木霉侵染造成良机，尤其是多年的菇场和老菇房，常是木霉猖獗危害的场所。
危害香菇生长的所有杂菌中，木霉威胁最大。木霉适应性强，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌丝生长。木霉能生长在生长势减弱的香菇菌丝体上，使香菇组织细胞溶解死亡。
木霉在4～42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害香菇培养基时，初期为白色棉絮状，后期变为绿色。菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应弃之不惜。
木霉至今没有理想的根治性药物，常用的杀菌药，对木霉只是抑制，而不是杀死，加大药量，只能同时杀死木霉和香菇菌丝。因此，创造适合香菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。
一旦发生木霉为害，要立即通风降湿，以抑制木霉菌的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1：200倍的50％多菌灵、75％甲基托布津、pH值为10的石灰水，此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。
二、链孢霉
链孢霉生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播为害，是高温季节发生的最重要杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废。
