侵染性病害
1.软腐病：真菌类病害，主要特征是菇床覆土层上出现细如蛛丝的白色菌丝，无规律生长，呈蛛网状盘列，染病菇体基本停止生长，逐渐变褐、发软、腐烂。该真菌喜高湿、低温的环境条件，棚温8℃以上即可发生危害。传播速度较快，一个200平方米的菇棚，如果处理不当，3～5天即可全部染病。防治措施：①处理覆土材料，防于未萌之时。使用腐殖土、草炭土时，按重量加入0．5％石灰粉拌匀后堆闷；使用本地土时，应予先对牛粪、麦糠进行充分发酵处理后，与土混匀，喷洒百病傻药物后覆膜，一星期后即可使用。②坚持预防为主，科学处理菇棚。使用百病傻和赛百09药物分别对菇棚进行地毯式喷洒，卷起草苫晒棚，2天后按每平方米250克用量撒施石灰粉，密闭2天后即可启用。③提倡科学防治，合理使用药物。发菌至出菇期间，为防止随空气流动而入的病菌，可每3～7天喷洒一次赛百09溶液，并与百病傻交替使用，以防产生抗药性。④提高栽培技术，加强综合管理。控制棚温在12~C以上、棚内相对湿度在90％以下，低温季节坚持午间通风，可有效降低发病率。⑤强化杀灭措施，不留病害后患。发现病害，立即采取挖除、清理措施。该病害大面积暴发的可能性较小，区域性发生时，及时清理后用百病傻和赛百09药物直接覆盖病区即可，但二者不能同时使用。
2．腐烂病：真菌性病害，主要特征是菇床覆土层上出现细如蛛丝的白色菌丝，无规律生长，呈蛛网状盘列，染病菇体基本停止生长，逐渐变褐、发软、腐烂。防治措施：处理覆土材料，防病于未萌之时。药物处理菇棚，一般可使用百病傻对菇棚进行地毯式喷洒，以彻底杀灭病原菌，老菇棚或本地病情严重时，隔日再用一次，密闭2天后即可启用。控制棚温在12℃以上、棚内相对湿度在90％以下。发现病害，立即采取挖除、清理措施。
3．褐斑病：主要症状表现为，染病菇体的菌盖表面产生大小不一的褐色或土褐色斑点，随着时间的延长和病情的加重，斑点逐渐扩大，并从斑点处发生白色至灰白色的凹陷，该病的最大特点是病菇不黏、不烂、不臭，最后干缩死亡。防治措施：参考软腐病的防治措施。
4．红根菇：主要原因是细菌类感染，可喷洒蘑菇杀病灵溶液，但有时因基料经长时间分解利用后pH下降严重，或遇高温时一次性用水太重太急时，也可发生该现象。处理措施：往畦面喷洒2％石灰水上清液，提高基料pH在8左右，避免一次性浇灌大水。
5．锈点菇：菇体上的铁锈色斑点，对其商品质量影响严重，主要原因是管理不当引致细菌性感染，如棚湿过大、菇体上积聚小水滴，而棚内通风又不能及时使之蒸发，如果时间稍长，很可能因此引发该类病害。处理措施：加强通风，空间喷雾使菇体上有小水珠时，更应强制通风，使水珠在1～2小时内蒸发掉，并喷洒蘑菇杀病灵溶液。
生理性病害
1．菌丝不吃料：原因是菌种退化、老化、适应性差，生命力弱；或菌种运输中接受36℃以上高温或经暴晒；或基料内氨气太重，抑制菌种萌发。处理措施：更换菌种；属氨气原因时，将料抖松，喷2％石灰水，也可直接喷施清水，将氨气结合带入床基土壤，同时加强通风，使空间中的氨气随风排出，等正常后重新播种。
2．菌丝萎缩：基料发酵不匀、料内产热，或铺料偏厚，或基料或覆土材料含水偏高。处理措施：在床基上翻料，拣出未发酵完全的大团块粪肥生料；加强通风，停止用水。
3．幼菇死亡：①营养不足。基料数量少，料床太簿，仅10厘米左右，营养严重不足。处理措施：只能临时浇施速效营养，如三维精素等，予以补充。②铺料过多。料床过厚，基料产热，致幼菇死亡。处理措施：畦面打孔至床基，灌入适量井水，强迫降温。③温差刺激。如初冬季节突遇“小阳春”气温，达到20℃以上高温，致棚内热闷，幼菇不堪接受较大的温差而导致死亡。处理措施：注意天气预报，观察天气变化，及早进行防范。④通气不足。致棚内二氧化碳浓度过高，影响子实体的正常发育，该现象尤在冬春季发生严重。处理措施：保持棚内良好的通风条件，半地下栽培时，可在菇棚上立烟囱至棚底，将棚内二氧化碳通过烟囱抽排出去，换进新鲜空气。⑤水分过大。使基料及覆土层通透性差，氧气供给不足致幼菇死亡。处理措施：加强通风，停止用水。
4．畸形菇：①开伞菇。即硬开伞，幼菇过早开伞，或称之为拉膜。主要原因是棚内温差过大、湿度过小，但在近年生产中发现，许多菇农使用老化菌种时，出现硬开伞的概率增加。此外，基料营养的不足以及营养失衡，也是重要原因。处理措施：保持棚温棚湿的相对稳定。如属菌种生物特性退化，则根本解决的办法是下批栽培更换菌种。配料应讲究营养水平和营养均衡。②地雷菇。当温度偏低时，双孢菇原基无法在畦面形成，只有在覆土层中或料表层形成，随着子实体长大后钻出土面，周身带土，而且菇体不圆整、表面凹凸不平。主要原因有覆土材料过细、土质偏黏性、覆土进入基料过多、一次性用水过大过急，使覆土层板结状态。处理措施：适当提高并保持棚温，如属覆土材料过细、板结，则应加强通风。③薄皮菇。主要原因是料床过簿、基料偏生以及棚温偏高等，此外，菌种老化、退化也易引致薄皮菇的发生。处理措施：降低并保持棚温，料床薄、营养不足时，可适当浇施营养精素之类速效营养。如属菌种退化问题，则应吸取教训，下批更换菌种供应单位。④空心菇：主要原因是基料及覆土层含水偏低，使菇体水分蒸发过快，又难以从料内得到补充，轻则使菌柄中部呈疏松状，严重时则使菌柄中空。处理措施：科学合理地对基料及覆上用水，并保持棚湿在适当水平。
虫类危害
主要有菇蚊(蝇)幼虫或螨类危害，咬食菌丝，使幼菇的营养及水分通道被截断而死亡。处理措施：有两种方法，一是诱杀；二是磷化铝熏杀，畦面上每1米左右放置一片，然后盖严塑膜，6～12小时后揭膜，害虫将被全部杀灭，即可正常管理。对螨类可采取在出菇间歇期重喷杀螨药物后，覆盖塑膜熏杀的办法。使用磷化铝时，要注意两点：第一，注意人身安全；第二，检测双孢菇子实体药物残留量，否则，不得进入市场。
