木耳菌袋感染的原因：
一、培养料灭菌不彻底
1 、冬季天气冷，温度低，尤其是东北地区近年来用的木屑颗粒越来越粗，培养料预湿不透，甚至不进行预湿处理直接拌料装袋，很容易携带干料发生灭菌不彻底的现象。
2、装锅蒸料时，锅内码放密度过大，锅内蒸汽流通不畅，容易有灭菌死角，也容易出现灭菌不彻底的情况。
3、灭菌时不排冷汽，或冷汽排放时间短而造成锅内出现假压，不但高压灭菌设施需要排冷汽，常压灭菌锅也需要排冷汽。
二、菌袋有微孔
由于木屑颗粒粗、尖锐，菌袋薄，装袋时容易造成菌种出现微孔现象，在培养环境不良的情况下杂菌孢子侵入微孔处繁殖生长。
应尽量选择颗粒均匀、无尖锐毛刺的木屑为主料，或者将木屑提前预湿，使其尽量软化。一些种植户想选用厚菌袋来解决此问题，但厚菌袋在出耳阶段容易出现比较严重的袋料分离现象，现已不适宜了。
还有一种不可忽视的原因是菌种携带杂菌。北方地区多数都是窝口、插棒的生产模式，菌种接入菌袋预留孔中，菌种萌发后向四面八方辐射生长，比原来用无棉盖体或套环接种的方法，只将菌种接入菌袋口料表面的方式缩短了木耳菌棒养菌周期，缺点是由于菌种接到中心，有杂菌感染也不能及时发现。因此，在接菌前一定要严格挑选优良菌种。
