1、黄腐病
（1）症状 子实体初期易出现黄褐斑病，随后扩展到整个菇体，菇体停止生长，最后变黄、变软、腐烂。这是由细菌类假单胞杆菌引起的病害。
（2）发生条件 高温（20℃以上）、高湿、通风不良时极易发生。主要是通过水来传染，当子实体含水量过高时易发生。
（3）防治方法
第一，在出菇期间，当温度高于18℃时，切勿向子实体喷水，只能向地面和四周墙壁上喷水来增加湿度。
第二，出菇期间，要加强通风换气管理，避免出现高温、高湿环境。每次喷水后，结合进行通风换气管理，降低菇体表面上水分，可防止细菌性病害。
第三，出现病害后，及时摘除病菇，加强通风换气管理，防止传染其他菇体。
2、枯萎病
（1）、症状 杏鲍菇幼菇生长停止，萎缩死亡，最后变黄、腐烂。出现这种现象，主要是高温（22℃以上）引起幼菇死亡，最后出现细菌感染，变黄并腐烂。
（2）、 发生条件 子实体生长期间，将温度控制在10-20℃之间，最高温度不得超过22℃。高温时采取降温措施。幼菇枯萎死亡后，及时摘除，防止细菌繁殖，菇体腐烂，引诱害虫取食繁殖，出现虫害。
3、畸形菇
（1）、症状 子实体长成不规范形状，即为畸形菇，从而降低商品价值。
（2）、发生原因 子实体生长期间，遇到22℃以上高温，抑制了菌盖分化和发育。此外，空气相对湿度低于70%时，也易长成畸形菇。
（3）、防治方法 合理安排出菇季节，将出菇温度控制在13-20℃之间，避免在20℃以上出菇。子实体生长期间菇房内空气相对湿度保持在80-90%之间，满足子实体生长发育所需水分条件。适时开口出菇，加强通风换气管理，保持菇房内空气新鲜，避免二氧化碳浓度过高。
出菇时菌丝旺长子实体萎缩或黄化死亡
这是菇棚内温度突然升高所致。在出菇阶段，菌丝、子实体都在生长。在正常情况下，这两种生长达到动态平衡。决定这一平衡的关键因素是温度。相对较高的温度有利于菌丝生长，而相对较低的温度有利于原基的分化。突然升温，打破了原有的平衡，使营养生长即菌丝生长占了优势。在营养、水分一定的情况，供给菌丝生长的营养、水分多，供给子实体的营养、水分就少了，严重时子实体营养倒流，在外观上表现出子实体萎缩，甚至枯黄死亡。
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