食用菌病害的发生甚至流行都有其规律，表面上看，病害仅在某一生产环节出现，但是病害的发生是需要相当多的条件的。因此，防病应从源头抓起，至生产完全结束为止，中间环节亦不能稍有放松，以彻底杜绝病害发生。
选用优良脱毒菌种 选用优良脱毒菌种是保证菌种不带任何病毒或病菌、确保菌丝健壮、提高菌丝抗性的有效措施。脱毒菌种自身不携带任何病毒或病菌，且由于在脱毒过程中人为调控基质及温度，又使其大大提高了对外界条件的适应性及抗逆性。
消毒处理要严格 严格菇棚及栽培环境中的消毒处理是消灭残存病毒、病菌的主要手段。首先，菇棚周边粪堆、草堆、垃圾等应清理干净，将杂草一并清除。多次喷洒500倍的多菌灵等杀菌药物。其次，对老菇棚应刮除墙皮，有条件时可将地表铲除1厘米左右厚，用50倍的蘑菇祛病王溶液对棚内进行地毯式喷洒，墙体、边角、立柱、通风孔等也应喷洒药物，不留死角。该项措施能够较彻底杀灭棚内病菌。也可使用10倍的强优戊二醛溶液、200倍的金星消毒液消毒。用多菌灵、甲醛配制多甲溶液喷洒杀菌的效果亦很好，一般多菌灵、甲醛、水按1∶2∶100的比例配制，如果上季栽培时病害较重，可适当提高浓度。再次，对原发病害严重的菇棚，可拆除上层架杆、棚膜等物，棚内堆积秸秆杂草，点燃焚烧，将草木灰翻入土层中，重新架杆覆膜，再施药物喷洒，效果很好。具体操作时应选择无风天气，并备有适当的灭火器材。
对覆土材料进行有效处理 对覆土材料进行有效处理是防止带菌进棚的重要环节。选择覆土材料后，在硬化地面进行暴晒，随时翻动，使土粒直径保持在0.5厘米以下，用100倍的蘑菇祛病王溶液边喷边拌，喷拌2次，建棚后覆膜进行堆闷效果极好。
基料处理要严格 这是确保不带菌进棚的关键环节。该阶段包括干料的处理、堆酵处理和装袋播种的规范化熟料接种以及培养发菌等环境的清洁杀菌。完成发菌后，菌袋进棚前，应配制200倍的蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，将菌袋浸洗一遍后再进棚。
经常喷洒杀菌抑菌药物 经常喷洒杀菌抑菌药物是出菇管理过程中主要的预防手段。自菌袋进棚或基料进棚播种后，即应经常喷施药物，以达预防病害之目的。
及早防治 对初发病害，应彻底处理。对菌袋立体栽培的，连同发病菌袋清理出棚，浸药后深埋处理。数量较大时，可喷药后进行堆闷，也可撒拌石灰粉后进行堆闷。方法是，建堆后用稀泥将土堆封堆，令其自然发酵，产热杀死病菌。对覆土栽培的，应扩大病区范围连同基料一控到底，清理出棚。
灭虫防病 这是防治病害的重要措施之一。大多害虫往往携带大量病菌，一旦进棚，即成为病源，到处传播，很快蔓延，因此在防治病害的时候，不可忽视对害虫的控制和杀灭。主要措施：清理外部环境，喷施高效低毒药物控制虫源；菇棚门口撒施2米以上长的石灰过道，以防爬虫类害虫进入；通风口、门口封挂防虫网，以防飞虫类进入。发现害虫后，采取毒饵诱杀方式，效果较好。对菇蚊蝇类，可在出菇间歇期喷洒灭害灵杀灭。也可配制糖醋液诱杀，白酒、糖、醋、水按1∶2∶3∶4的比例配好后，加3~4滴敌敌畏液盛于容器，成虫趋味飞入，即可被杀死。
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