1.保证菌种的纯培养，注意不要用被杂菌污染的菌种。
2.适当低温保存菌种，低温型菌种如平菇、香菇等，在4℃有利于保存菌丝体的活力，高温型菌种如草菇在16℃有利于保存菌丝体的活力。
3.避免在单一培养基中多次传代，菌种不宜过长时间使用。超龄菌种会出现老化，而老化与退化是有机相连的，生活力弱的菌种很容易出现退化。
4.菌种要定期复壮，复壮要在适温、合适酸碱度、充足氧量、无杂菌培养等条件下进行。
5.每年进行孢子分离，以有性繁殖来发现优良菌株，以组织分离来巩固优良菌株的遗传特性。
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