制作灵芝菌种菌种质量的好坏与灵芝的产量、质量有着极大的关系，优劣不同的菌种，其产量可相差30%-40%，子实体大小可相差一倍。 品种的种性与制种技术决定着灵芝菌种质量的好坏。种性决定于所用菌种的遗传性。不同菌株在相同的制种技术及培养条件下，其产量质量也会有很大差别的。种性决定后，菌种培养的好坏取决于制种技术。
菌种分离方法与分离部位
灵芝菌种分离有菌木分离、组织分离、孢子分离等多种方法，每种方法都可以获得灵芝菌种。菌木分离时，因菌丝生命力强弱难以测出，使所分离的菌种好坏难以掌握。孢子粉离时，因灵芝孢子具有4种性别，可产生多种方式配对而成的双核菌丝，由这些双核菌丝形成的子实体，其产量、质量、性状会很大的差异，必须经过选种才可应用。而组织分离时，肉眼能够观察到子实体的长长性状，可随意选取取优良的种芝；同时组织分离的菌种性状稳定。因此，生产上宜用这种方法获取菌种。
灵芝子实体的不同成熟阶段及子实体的不同部位上，其细胞大小，内含物（原生质、细胞器）多少及分化程度是不同的。幼小的子实体和长大的子实体，其细胞数量相差很小，而细胞大小相差很大，成熟子实体的细胞明显大于幼小子实体的细胞。子实体长孢子前，细胞大，其细非金属器、原生质含量也多。这种细胞萌发的菌丝生命力强，种性也好。灵芝菌丝和子实体很容易纤维化，纤维化的细非金属空腔很大，细胞质、细胞器含量比幼嫩子实体细胞还少。所以，灵芝组织分离时，应选菌蕾大，刚开始开片，子实体刚出现橘黄（开始纤维化）时分离。分离部位应选在菌柄基部和菌盖边缘之间的中间部位，即选取在中部菌管的止方而不是选取在菌柄和菌盖交叉的位置。
组织分离时所用割刀必须锋利，一刀割下就应把其分开，切忌反复用用力撕拉，伤害组织。接种针火焰灭菌后要冷却后方可使用。接种块大小为0.3厘米左右，不要太大，也不要太小。
搞好菌种扩大繁殖
灵芝菌丝暴露在空气中，尤其是在温度偏高或偏低的条件下，表面菌丝很容易纤维化。纤维化的菌丝细胞内含物少，空腔多，生命力弱，扩大分离接种后生长慢。多次用纤维化的菌丝分离、繁殖菌种，菌种会逐渐退化。所以，灵芝菌种除第一次组分离采用斜面试管培养外，以后的扩大繁殖都应用瓶装的木屑（棉籽壳）加玉米粉（米糠）的富含纤维素、木质素培养繁殖。用这种方式繁殖的菌种其菌丝在培养基内部，菌丝不会纤维化。同时，纤维素、术质素是一种迟效性培养基，菌龄即使较长(不超过两个月)也不会造成营养饥饿。
培育健壮菌种
要求每次分离、繁殖都不使菌种受到不利的损害，使之保持优良的菌种性状和旺盛的生长势。具体应做到:培养温度不要过高或过低，高温不超过30℃，低温不低于20℃；培养基配制要适宜菌种生长，含水量用手紧握时手指间稍有水迹即可； 使用菌龄不超过两个月；接种过程中防止机械伤、烫伤；分离、 扩大时，应弃去表面菌丝。
挑选无病毒菌株
灵芝菌种常会从母体组织中带来病毒，也可在分离繁殖 时被病毒感染。菌种感染病毒后初期不容易扩展，也不容易表现出来，常常呈潜伏状态；不过一旦菌丝生命力下降，病状就 容易表现出来，结果灵芝不能长大，对产量会有较大的影响， 因此，必须认真挑选无病毒菌种。
病毒是在动植物寄主细胞内繁殖的，当寄主的细胞死亡后病毒就释放出来又进入新的细胞中去，因此，病毒很难用药来杀死。目前，防治病毒病的方法，对高等动物来说主要是通过提高机体的免疫能力，由体内的免疫细胞和免疫球蛋白将 病毒杀死；但植物和真菌没有免疫系统，因此，预防灵芝病毒病只有依靠选取无病毒菌种和改变培养条件、提高灵芝生活力、增强灵芝细胞膜封闭度以阻止病毒进入健康的细胞内。
灵芝菌种是否感染病毒，可从菌种的外表特征上观察。凡感染病毒的菌种，当菌丝生命力不很旺盛时，本应整齐向前生长的前端菌丝有的会出现生长特别慢或特别纤细，形成不规则的菌丝前缘区，或者在已长有菌丝的区域出现边缘整齐的音二二菌丝空斑(实际上还是有非常纤细、生长势极弱的菌丝存芒)现象，经过一定时间后空斑上的菌丝死亡，就变成为黑褐 兰的斑块。这样的菌种就应弃去。
菌种是否带有病毒，在生长良好的菌种中往往不能表现出来。但可用玉米粉或款皮含量较低(不到15%)的培养基， 将其置于32-24℃的温度中培养，使其长出生命力弱的灵芝菌种，若有病毒就容易表现出来。凡抽试的菌种出现病毒症状，表明整批菌种都可能有病毒，最好不用。若要应用，则应逐一挑选，经鉴定确认无病毒后再以良好的培养条件培养。
防止杂菌感染
菌种感染杂菌，一般是因原种带杂，接种污染，棉塞湿或塑料袋有微孔。原种带杂常由于菌种培养过程中对杂菌检查不严密，菌种菌龄长，培养室暗、不通风、空气湿度大造成。
棉花是一种隔热性能极好的物质，难以消毒彻底，故是各种霉菌的良好培养基。开始由于棉塞干燥，杂菌抱子不能萌发、长出菌丝，但以后菌种培养过程中因呼吸散发出的水气被棉塞吸收，使棉塞中心的杂菌抱子逐渐萌发生长，时间一长杂茵茵丝就会穿透到棉塞头上，继而产生抱子并掉落到菌种表面。这种情况在培养室黑暗、通风少、湿度大的情况下容易产生。所以，菌种培养时培养室要每隔1-2天通风1次，室内地面要高于室外地面50厘米以上，室内湿度不要超过65%(但也不能过分干燥，否则培养基表面会失水，造成菌丝生长不良)。菌种菌龄不超过两个月。菌龄长的菌种扩大繁殖时应敲破瓶底，从底部接起，近表面的菌种弃去不用。原种菌种封面可每隔2-3天应检查1次杂菌，有杂菌污染的应弃去不用。培养料灭菌时，瓶子上面盖一圆形弧状的塑料薄膜，防止锅盖上的水蒸气水淋到棉塞上。接种环境要清洁。灭菌到接种的问隔时间不要太长，最好是在消毒好的培养料还有余温(32-35℃)时接种，这样就可降低杂菌的感染程度。
提供适宜菌种生长的培养基与环境条件
灵芝对木质素的分解能力很强。为培育菌丝生命力强、不易衰老的菌种，最好选用硬质术屑作培养原料，如青杠标术屑等。用材质较松的木屑作培养原料时菌龄不宜太长。常用的灵芝原种培养基配方为:阔叶树术屑78% ，玉米粉10% ，麸皮 10% ，蔗糖1%，石膏粉1%。灵芝菌种培养对外界环境的要 求:无光或弱光，温度25-28℃ ，空气湿度65%左右。室内保持清洁、不阴湿，定时通风。应注意的事项
