羊肚菌大田栽培的成功得益于外源营养袋的使用， 虽和传统食用菌相比，废弃的菌包（外源营养袋）数量并不多，一亩地2000袋计算，干物质约500-600斤，但大规模栽培中，这也是一个不小的数量，需要恰当处理。处理不当，则会隐患无穷。
现如今的栽培技术中，外源营养袋的主要配方是小麦、玉米芯、谷壳和木屑，辅助田间一些石灰、石膏和腐殖质土，在整个生长过程中，小麦中的淀粉、玉米芯中的有效成分首先被代谢，而谷壳、木屑中的木质纤维素是难以被短时间所分解的，因此在生产结束的时候，袋子内多剩余的是麦皮，玉米、芯谷壳或木屑中的木质纤维素部分，以及还有不少的羊肚菌菌丝残留在袋内。此外，大多外源营养袋此时都或多或少存在污染，这样就有大量的杂菌（链孢霉、青霉、黑曲霉、酵母、细菌等）在袋子内，这些污染物对大多植物来说危害不大，但对羊肚菌就很不好。
因此，首先要确定的是，如果原始地块来年准备继续种羊肚菌，那么使用过的外源营养袋是必须要撤走，丢出去，绝不可遗留在地里。遗留在田地将增加田地杂菌基数，次年种植羊肚菌将面临菌种污染、外袋污染困境，直接结果是不出菇或出菇后病害严重。这也是所谓的重茬问题的一个方面。
如果该地块不准备再种羊肚菌，则可以就地将外袋割破，将外袋散在田地，充当农家肥使用。能起到疏松土壤、增加有机质含量的目的，对农作物的生长有益。需要注意的是，每亩使用的废弃外源营养袋不应过多，一亩地之多用三四千袋即可，过多时容易造成肥力超标，农作物徒长，不结果实。
也可将外源营养袋收集在特定的位置，破袋后作为农家肥沤堆，半年后作为农家肥用作其他庄家基肥，效果不输于市售的生物肥料。
