基质是食用菌赖以生存的各种营养物质之所在。在使用品种和生长环境条件相同的情况下，使用基质不同、配方不同、基质的处理方式不同，食用菌子实体的产量、质地、风味等都有所差别。
1 基质的分类
1.1 主料 顾名思义，是基质的主要成分，多指以满足食用菌碳营养为目的的原料，主料用量较大。
1.1.1 木质类 这类主料的碳源中木质素所占比例较大，纤维素和半纤维素所占比例较小，如椴木、树枝、木屑等，其质地紧密，适于各种木腐菌的栽培。
1.1.2 草本类 这类主料的碳源中纤维素和半纤维素较多，质地较松软，常见的有各类农作物秸秆皮壳，如麦秸、稻草、玉米芯等，适于多种食用菌的栽培。
1.1.3 粪苹类 各种草食动物的粪便，常用的有牛粪和马粪，既含有大量的纤维素和半纤维素，又含有较多的蛋白质，较动物消化前更利于食用菌的分解吸收，常用来栽培双孢蘑菇、大肥菇、姬松茸等。
1.1.4 纤维类 这类材料食用菌可吸收的碳源主要是纤维素类，虽然有的材料中其他成分所占比例较大，如棉籽壳的种皮，这部分食用菌几乎完全不能利用，能利用的只是其上附着的纤维，如棉籽壳、废棉等。
1.2 辅料
1.2.1 有机氮源辅料 这类辅料主要有麦麸、米糠、棉仁饼、菜籽饼、花生饼、豆饼、芝麻饼及大豆粉等。
1.2.2 磷钾肥 常用的有过磷酸钙、磷酸二氢钾等。
1.2.3 无机盐类 常用的有硫酸钙（石膏）、碳酸钙、硫酸镁等。
2 基质原料的处理方式
2.1 生料栽培 即拌料完毕后不再经任何处理而直接装袋接种的栽培方式，它的基质是未经腐熟或灭菌的生料。这种栽培方式简单易行，省二省时，一步到位，但接种量需加大，否则菌丝不易定植，而且在发菌过程中会造成后发酵，导致高温烧菌，会在一定程度上影响产量。平菇、草菇等可采用生料栽培。
炎热夏季，高温多雨，这种方式易造成基料酸化腐烂而致失败。在生产中要采取以下措施：①采用直径较小的袋作栽培容器；②选用无霉变原料，用前曝晒；③装袋前用石灰调高pH值；④控制培养料含水量在60%～65%，不可过高；⑤高温发菌时要单排放置，袋与袋间不能挤压；⑥培养环境要低温、干燥、通风和无光线。
2.2 发酵料栽培 即是将原料拌匀后，按一定规格要求建堆，进入发酵工艺。当堆温达一定要求后，进行翻堆，一般要翻3～5次。双孢菇、姬松茸、草菇、平菇、鸡腿菇等都很适合发酵料栽培。
堆制发酵过程要经3个阶段，即升温阶段、高温阶段和降温阶段。培养料建堆初期，微生物旺盛繁殖，分解有机质，释放出热量，不断提高料堆温度，即升温阶段；由于中温微生物的作用，料温持续升高，几天之内即达50℃以上，即进入高温阶段，使堆温维持在50～70℃的高温状态，从而杀灭病菌、害虫，软化堆料，提高持水能力；当高温持续几天后，料堆内严重缺氧，营养状况急剧下降，微生物生命活动强度减弱，产热量减少，温度开始下降，进入降温阶段。此时及时进行翻堆，再进行第2次发热、升温，再翻堆，经过3～5次的翻堆，其物理和营养性状更适合食用菌菌丝体的生长发育需要。
2.3 熟料栽培 即是要对装袋（瓶）后的培养基进行常压或高压灭菌，一方面利于分解能力较弱的食用菌品种的菌丝体的利用；另一方面使培养基内大部分有害微生物及害虫死亡。如香菇、杏鲍菇、金针菇、木耳、银耳及滑子菇等都必须要熟料栽培。熟料栽培能彻底杀灭料中杂菌（害虫），减少污染率，使食用菌丰产，提高稳产性。他较发酵料更为节省时间，且在时间上较为主动，便于根据人力、物力适时组织规模生产。
总之，从生料一发酵料一熟料栽培，培养基的腐熟程度是从浅到深，其中高分子化合物等营养成分的分解程度是从轻到重，从其中内存的杂菌基数是由多到少，但受外界杂菌的入侵程度是由难到易，操作方面来讲是由简单到繁琐，从保险程度及产量上看是由低到高，生产者应根据自己的生产情况，合理选择，提高综合效益。
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