菇蚊蝇以幼虫钻蛀为害，且个体小、为害隐蔽、适生能力强、繁殖速度快，食用菌生产中一旦发生为害，很难彻底控制，特别是平菇、茶树菇等菌袋生产中药剂防治往往难于施用，加之国内已登记可在食用菌上使用的杀虫剂非常有限，导致防治效果不理想。许多试验表明，一些杀虫剂对食用菌的菌丝和子实体生长有不同程度的抑制作用，此外，由于食用菌子实体生长周期短，如果不严格按照使用方法使用和执行安全间隔期，化学防治易造成农药残留超标，存在食品安全的风险。
因此，根据菇蚊蝇发生特点，想对其进行有效防控，就必须以预防为主，防重于治，防治方法采取以物理防治为主的综合防治措施。
1.搞好栽培场所及周边的环境卫生，消除虫源：及时清除废料、收获后的菇根、烂菇等，严禁堆放在菇房周围，可堆沤后作废料；生产结束后或开始前，用敌敌畏等烟剂进行棚室熏烟灭虫或喷洒杀虫剂杀虫，减少虫源、确保生产环境安全。
2.物理阻隔，防止成虫飞入菇房：菇房门口、窗口、通风口安装40目或40目以上的防虫网，把菇蚊蝇成虫阻挡在菇房外，避免其发生和为害。
3.物理诱杀，监测、杀灭进入菇房的成虫：利用菇蚊蝇成虫的趋光性，在菇房内安装菇蚊蝇诱虫灯或悬挂黄板，监测并杀灭成虫。
4.优先选用生物药剂防治，严格执行安全间隔期：菇床、菌袋用药，必须选用高效低毒、低残留的无公害药剂，用药应在菇体采摘后进行，以免造成药害或残留超标，用药后要适当控制出菇时间，严格执行农药安全间隔期，避免子实体中药剂残留超标。生物药剂可选用0.1%鱼藤精，或5%天然除虫菊素，或Bti（苏云金芽孢杆菌以色列变种）粉剂等。
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