菌种保藏的目的是通过降低菌种的代谢活力，使其处于休眠状态，减缓衰亡速度，保持菌种原有优良性状，防止杂菌污染；当恢复生活条件时，菌种能在很短时间内恢复生机，迅速生长繁殖。
母种的保藏有如下方法：
1. 斜面冰箱保藏法：把生长丰满健壮的斜面母种，把棉塞在管口剪平，用蜜蜡封口或换用胶塞，存放于摄氏4度冰箱内保存。高温菌在16摄氏度为宜。有效期3—6个月。
2. 石蜡油保藏法：斜面母种注入经二次灭菌后，在摄氏40度温箱2天蒸发水分而冷却了的石蜡油至斜面顶尖1—1.5厘米处，再用蜜蜡封管口或换用胶塞，直立于摄氏4度冰箱或室温存放。保存期可1—2年。
3. 孢子保藏法：用2×0.5×0.8厘米经灭菌的滤纸条吸附上孢子，可参考孢子分离法，然后把带孢子的纸条放入无菌试管内，置干燥器内2—3天吸干水分，再改用胶塞。在冰箱或室温内可保存多年。
4. 菌丝球保藏法：常用经灭菌的生理盐水、无菌水、蒸馏水、营养液等装入试管约5毫升作媒介，把经过液体培养至对数生长期的菌丝球4—5个，移入媒介内，用胶塞封口，冰箱摄氏4度或室温可保存1—2年。
5. 液氮保藏法：常用经灭菌10%甘油蒸馏水或10%二甲基亚砜蒸馏水为保护剂，注入斜面母种管，刮下菌丝体成悬浮液或孢子液，吸取菌液0.5—0.8毫升注入已灭菌安瓿管，熔封管口，置液氮冷冻器内，每分钟降摄氏1度，1小时内使其温度降至摄氏负35度，其后迅速降至气相摄氏负150度，摄氏负196度保存。保存期可超过10年。
6. 自然基质保藏法：此法多用于原种保藏。在一些欠设备的地区，也可作母种保藏法。
