一、瓶装发酵料
传统的麦粒瓶装原种和栽培种的制作过程中，只有培养基（麦粒），菌种接入后，发菌不一致，造成瓶的一侧发菌很快，另一侧发菌缓慢，菌龄很不一致，并且易感染杂菌。
改进方法是在培养基的上方离瓶口约4厘米处装入1-2厘米的发酵料后，再灭菌。因为发酵料本身是无菌的，接入菌种后，菌丝很快布满整个瓶的上部，同时吃料。这种方法优点是杂菌不易侵染培养基，并且菌种的菌龄一致。
二、麦粒发芽法
传统蘑菇原种和栽培种的制作，大多利用麦粒作为培养基，流程是把麦粒煮熟后装瓶灭菌再接菌。我们知道麦粒的营养非常丰富，而在传统制作过程中，麦粒煮制的程度不易把握，存在煮过或煮不透的情况，造成杂菌的滋生或发菌过慢。
改进方法是让麦粒发芽后备用。麦粒的贮藏物质主要有淀粉、脂肪与蛋白质，当种子吸胀和细胞生理活性重新活化时，各种酶的活性增强，这些物质在萌发时被分解为简单结构的麦芽糖、蔗糖、氨基酸等物质，易于被菌丝利用，菌丝生长速度快。具体做法是：让做菌种的麦粒一次性发芽，芽的长度为麦粒长度的1-2倍，后充分晒干贮存，等到做菌种的前一天，浸泡麦粒12小时，直接装瓶灭菌。该方法的优点是省去煮麦粒的过程，节省人力财力，并且发菌快、杂菌少，污染率在2%-3%之间。
三、使用液体菌种
传统菌种的固体培养基是PDA、小麦粒或木屑等物质，固体培养基的缺点是发菌慢，苗龄不一致，杂菌侵染的机率大。
改进的方法是使用液体菌种，液体菌种克服了固体菌种的缺点，可以直接作为栽培种进行栽培。在有条件的单位及生产量大、生产周期长的企业可使用液体菌种，可减少污染及缩短发菌时间，提高生产效率。
四、从原种瓶的下部接菌
传统的原种接栽培种的过程中，大多是从瓶口向外掏菌种。由于瓶塞为棉花，杂菌极易在瓶口滋生蔓延，并且有很多杂菌（如细菌）是人眼看不到的，传统的接种方式可能由于瓶口的污染而导致更大面积的栽培种的污染。
改进方法是从原种瓶的底部开始接种。我们知道原种瓶下部的菌种菌龄短，生命力旺盛，并且杂菌少，接菌后菌丝吃料快，污染率低。为了进一步地降低栽培种的污染率，我们建议将正常原种瓶口上部1/5的原种弃掉，防止潜在的污染。
五、合理安排制种季节，避开不利天气
高温季节，接菌时间提前或延后，是降低杂菌污染的一条经济有效的途径。在潮湿环境中，如果温度适宜，杂菌滋生蔓延快，每年的7-8月份是制作蘑菇原种、栽培种的适宜季节，但在7-8月份我国普遍高温多雨，杂菌非常活跃，也是菌种受污染最严重的时期。多数大中型制种单位和个体农户，又在白天高温时接菌，这无疑加大了杂菌侵染的机会。
改进方法是在7-8月份的气温较低的时间段接菌，如早晨或晚上。当然，如果在有空调的室内接菌效果更佳。
