菇蝇：防治菇蝇在不同时期应采用不同的方法：出菇前若有菌蛆发生，可用敌敌畏按0.9公斤／100平方米的量进行熏蒸防治，同时在每个培养块上再喷0.15公斤的5%食盐水；出菇后若有菌蛆为害，可喷鱼藤精、除虫菌酯，烟碱等低毒农药防治。此外，用加强通风，调节棚内温湿度来恶化害虫的生存环境，达到防治的目的。
菇蚊：菇类采收后在大棚内喷500－800倍的敌百虫溶液，同时在菇棚门和窗口处加上尼龙纱，以防菇蚊成虫飞入产卵、繁殖为害。
菌虱：菇类培养期间发现菌虱，可用棉球沾50%敌敌畏悬挂熏蒸防治或喷施1%硫酸尼古丁溶液防治。
线虫：蒸料时要使蒸气充分接触培养料，以杀死全部线虫。出菇后，可用50毫克／公斤的硫化锌喷施培养块来防治线虫。
跳虫：出菇前可用0.1%的敌敌畏加少量蜜糖诱杀，也可用亚砷酸制剂或有机磷制剂涂于地瓜片上进行诱杀。出菇后一般不能直接使用农药，此时可利用新鲜桔皮0.25-0.5公斤切成碎片，用纱布包好榨取汁液，冲入0.5公斤温水中混成溶液，然后用1:20的比例喷施２－３次，防跳虫有效率达90%以上。
蛞蝓：可在２％砷酸钙或砷酸铝溶液中加入米糠或豆饼，制成毒饵诱杀蛞蝓。也可地面喷洒５％食盐水，驱除蛞蝓成虫。晚上9-10点钟是蛞蝓集中活动的时期，这时可进行人工捕捉。
蓟马：可用90%敌百虫和50%马拉硫磷1000-1500倍液喷雾防治。
蝼蛄：用毒饵诱杀效果最好。毒饵配方为：敌百虫50克、米糠或麦麸1.5公斤炒香、糖50克、白醋250毫克，充分混合后撒于地面上，蝼蛄、蚊类食后立即死亡。
其它害虫：伪步行虫、蛀板虫等可用鱼藤精500－800倍液或80%敌敌畏1000－1500倍液喷雾防治。白蚁主要为害茯苓等菌类，挖巢灭蚁是避免或减少白蚁为害的有效方法。另外，可在菇棚周围挖一小沟，把新鲜臭椿树枝均匀地放在沟内，用土盖上，对白蚁有很强的驱避作用。
