段木的人工接种，就是把培养好的栽培种接到段木上，接种是黑木段木栽培的重要步骤，接种质量好坏，直接影响黑木耳的产量和质量。所以必须引起高度重视。
1、木屑菌种接种法：主要有打接种穴、点放菌种和盖树皮帽等三道连续工序。接种时，根据各地条件不同，可用电钻、手摇钻或皮带冲子打接种穴。打穴时要合理密植，一般打四行孔穴，穴距8～lOcm，行距5～ 7cm 。由于菌丝在段木中生长延伸时，纵向大于横向，所以，穴距应大于行距；穴深1.5～l.8cm，必须进入木质部1.2～1.5cm，穴的直径为1.2～1.5cm，孔穴应离段木两端各 5cm 左右，行与行交错成“品”字形。段木粗时可接密一些，段木细时可接疏一些。在打接种穴的同时，要准备好树皮盖，盖的直径要大于穴直径 2mm。
接种穴打好后，用消过毒的小铁铲，挖取培养好的木屑菌种快填人穴孔内，装满为止，然后轻轻压紧，盖上用水蒸煮过的树皮盖，用铁锤打严实，让树皮盖与耳木密合，使表面子整。树皮盖不能过大，也不能过小，小了盖在穴孔上容易脱落或经锤打后容易凹陷，积水，引起菌种霉烂；大了盖在穴孔上易凸出，也容易碰掉，可引起菌种干燥或被害虫吞食，降低菌种的成活率。也可用石蜡封穴(取石蜡7份，松香2份，猪油1份，加热熔化，待稍冷却时，用毛笔蘸取涂抹)。
2、枝条菌种接种法：用枝条菌种接种的段木打接种穴，行距和穴距与木屑菌种要求相同，其深度和直径要按照枝条菌种的直径大小而定。接种时，先在穴底填上少量木屑菌种，然后取一枝条菌种，插在适合的穴内用铁锤敲打，使枝条与耳木表面平贴。要求枝条与穴孔之间无缝隙，以防止菌种干燥或雨天积水，引起杂菌感染而发霉变质。
