如何选择菌种是每个菇农都要遇到的问题。因为菌种质量是取得优质丰产的先决条件。它将直接关系到菇农的栽培效益。平时不少菇农朋友缺乏对香菇菌种外观、质量鉴别的知识，而往往不知从哪几个方面去鉴定菌种质量的好坏。为了普及这方面的知识，建议菇农在购买菌种时应特别注意以下几个方面的问题。
1. 看资质。购买菌种应到两证齐全（菌种生产许可证和菌种销售许可证）的菌种生产单位购买菌种。切勿贪图菌种价格便宜，在不具备生产条件的菌种厂购买菌种。
2. 看科技实力。购菌前不仅要看两证是否齐全，还要考察供种单位生产菌种的人，其菌类知识、专业技术、服务态度、生产设备、菌种质量及信誉程度。
3. 看母种和原种来源。食用菌菌种制作可区分为三级制种（母种、原种、栽培种）。有一级资质的允许生产一级种（母种），有二级资质的可以生产二级种（原种），有三级资质的只能生产三级种（栽培种）。而大多数菌种厂家均属于三级制种资质，只能生产栽培种。所使用的原种必须要到有一、二级资质的科研单位引种。严禁使用经多次转管而退化的原种或同名异种、同种异名的菌株。因此购买菌种时一定要弄清引进的母种和原种的来源以及菌种品名。
4. 看外观。
（1）纯度：优质菌种必须是没有感染任何其他杂菌的纯菌丝体，若培养基上出现有黄色、红色、绿色、黑色等各种颜色形态的杂菌菌落，说明该菌种不够纯正。
（2）长势：长势好的菌种菌丝生长快，菌丝健壮。而菌丝生长稀疏、参差不齐、生长速度缓慢的菌种被视为不良菌种。
（3）色泽：好的香菇菌种，应该是菌丝洁白、细短、絮状、不产生色素，如果菌丝出现红色液滴或转色，说明菌种时间过长，开始趋于老化。
（4）均匀度：菌种的均匀度取决于菌种纯度和培养基的均匀度。菌种纯，均匀度就好。一般培养基成分和含水量不均匀，导致的菌丝走势不均匀则影响不大。如果菌种均匀度差，菌丝内有一明显界限，说明感染有霉菌。如果局部菌丝出现退化消失，其退化部位与正常部位有明显的拮抗线，很可能是感染病毒的特征，若在生产上应用，其危害极大。
（5）标示：合格菌种应标明菌种名称、生产厂家、生产地址、菌种特性、生产时间、检验合格、服务电话等相关内容。
