食用菌生产过程中虫害主要有：菇蚊、菇瘿、跳虫、螨类、线虫类等。主要防治办法有以下几种：
1．尽量采用发酵或熟料栽培，控制培养基地内虫口；双孢菇的栽培床要采用发酵料。拌料时加入0.5%食盐、3%石灰、5%～8%草木灰等，有较好的驱虫和预防效果。
2．菌袋或培养料入棚前，要进行空棚消毒。
3．畦栽料面发生时，喷洒1%～2%的洗衣粉溶液，对菇蝇、成螨、老幼螨均有极强的触杀作用。
4．利用一些害虫喜欢在透光、阴凉等环境下活动的规律，将灭害灵等液喷在透光的塑料薄膜上，盖在畦床上，每天1～2次，连喷3～4次，可杀死飞虫成虫。
5．在虫害菇房内安装几个15瓦灯泡或黑光灯，下面放一盆水，向水中滴入煤油，对诱杀菇蚊、菌蚊、黑腹果蝇等成虫效果极好。
6．糖醋液诱杀：将糖、醋、白酒、敌敌畏、水按2∶3∶4∶1∶90的比例配成药液，用纱布或棉球浸药、拧干、置于料面上，害虫闻到糖醋味即爬到药布或药棉上而被毒死。
7．将害虫喜欢吃的食物和毒药混拌，如将醋、糖、杀虫剂、炒黄的麸皮按1∶5∶10∶84的比例拌匀，撒于菇床四周及料面让其取食；对菇蝇、菇蚊、线虫等害虫也可用草木灰＋除虫菊（1克/平方米）在料面上均匀撒一层，连撒2～3天，效果很好，既可治虫也可防病。
8．在低温季节，对畦床内螨类等害虫等可采取"先引诱后杀灭"的方法：晴天的早晨，先在床面喷一遍糖醋液，盖上薄膜，拉开草帘、升温，这时会有大量害虫从深处爬到床面或薄膜上；下午，适时揭掉薄膜，带出菇棚，用水洗除附着的虫子，同时用高剂量低毒杀虫剂喷杀床面后覆膜。如此连续3～5次，便可消除危害。
